在使用R的校准图中，如何使用线下方和上方的针添加概率分布？

Question

在这个预测模型的校准图中，用针绘制了按二元结果分组的概率分布，如何基于基本的R绘图函数来实现它？

任何 R 程序员都可以提供示例代码吗？

Answer 1

已经有大量关于校准曲线的软件包。大多数都是围绕

rms

构建的，因此很容易找到适合您需求的一个。

rms

本身已经有

val.prob()

用于校准曲线。这是

CalibrationCurves

包中加载

rms

的示例。

# Load package
library(CalibrationCurves)
set.seed(1783)

# Simulate training data
X      = replicate(4, rnorm(5e2))
p0true = binomial()$linkinv(cbind(1, X) %*% c(0.1, 0.5, 1.2, -0.75, 0.8))
y      = rbinom(5e2, 1, p0true)
Df     = data.frame(y, X)

# Fit logistic model
FitLog = lrm(y ~ ., Df)

# Simulate validation data
Xval   = replicate(4, rnorm(5e2))
p0true = binomial()$linkinv(cbind(1, Xval) %*% c(0.1, 0.5, 1.2, -0.75, 0.8))
yval   = rbinom(5e2, 1, p0true)
Pred   = binomial()$linkinv(cbind(1, Xval) %*% coef(FitLog))

# Default calibration plot
valProbggplot(Pred, yval)