R PCA：为什么双图中的某些点比其他点大？

Question

为什么 PCA 双图中的某些点比其他点大？不幸的是，我在帮助文档中找不到解释。

示例：

# Load required library
library(factoextra)

# Perform PCA using prcomp
iris_pca <- prcomp(iris[, 1:4], scale. = TRUE)

# Create a biplot
fviz_pca_biplot(iris_pca, 
                habillage = iris$Species)

Answer 1

您看到的不是尺寸比例，而是每组的平均值。这似乎只记录在

factoextra::fviz

中，而不是包装纸中。在其他地方，它通过

...

传递到

ggpubr::ggscatter

，它具有以下参数，默认情况下

factoextra

设置为

TRUE

：

mean.point

逻辑值。如果

TRUE

，则将组平均点添加到图中。

可以像这样禁用：

fviz_pca_biplot(iris_pca, 
                habillage = iris$Species,
                mean.point = FALSE)