将JSON处理为Fasta，将Python代码转换为Groovy

Question

我有一个看起来像这样的配置文件：

{
    "codes": {
        "0004F--0004R": {
            "Forward code Name": "0004F",
            "Forward code Info": "xxxyyy4",
            "Rev code Name": "0004R",
            "Rev code Info": "xxxyyy3"
        },
        "0014F--0014R": {
            "Forward code Name": "0014F",
            "Forward code Info": "xxxyyy1",
            "Rev Barcode Name": "0014R",
            "Rev Barcode Info": "xxxyyy2"

        }
    }
}

我需要处理此json，以便获得如下所示的输出“ fasta”文件：

>0004F
xxxyyy4
>0004R
xxxyyy3
>0014F
xxxyyy1
>0014R
xxxyyy2

我本质上是一个python程序员，所以在python中我的代码看起来像这样：

with open('codes.fasta', 'w') as f:
    for k, v in json_object.get('codes', {}).items():
        fname, revname = k.split('--')
        print(f'>{fname}\n{v["Forward code Info"]}', file=f)
        print(f'>{revname}\n{v["Rev code Info"]}', file=f) 

我需要在Groovy中编写类似的函数。

使用伪代码：1.给config.json2. Groovy读取JSON3.相应地解析JSON4.输出一个“ fasta”文件

这里有Groovy编码员吗？

Answer 1

import groovy.json.*

def jsonObject = new JsonSlurper().parseText '''{
    "codes": {
        "0004F--0004R": {
            "Forward code Name": "0004F",
            "Forward code Info": "xxxyyy4",
            "Rev code Name": "0004R",
            "Rev code Info": "xxxyyy3"
        },
        "0014F--0014R": {
            "Forward code Name": "0014F",
            "Forward code Info": "xxxyyy1",
            "Rev Barcode Name": "0014R",
            "Rev Barcode Info": "xxxyyy2"

        }
    }
}'''

new File('codes.fasta').withOutputStream { out ->
    jsonObject.codes.each { code -> 
        def (fname, revname) = code.key.split('--')
        out << ">$fname\n${code.value['Forward code Info']}\n"
        out << ">$revname\n${code.value['Rev Barcode Info']}\n"
    }
}

您可以以非常类似的方式编写Groovy。

代替使用parseText进行解析，您可能希望调用parse(new File(config.json)或其他类似的API method。