如何将Rtools添加到R中的系统路径中

Question

正在运行来自 https://github.com/MikeJSeo/SAM 的闪亮应用程序 以及访问它的代码：

install.packages(c("samr", "matrixStats", "GSA", "shiny", "openxlsx"))
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("impute")
library(shiny)
runGitHub("SAM", "MikeJSeo")

应用程序运行良好，但在尝试保存输出时出现错误。这是我得到的错误：

Warning: Error in : zipping up workbook failed. Please make sure Rtools is installed or a zip application is available to R.
Try installr::install.rtools() on Windows. If the "Rtools\bin" directory does not appear in Sys.getenv("PATH") please add it to the system PATH 
or set this within the R session with Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "path/to/zip.exe")

我尝试过；

Sys.getenv("PATH")

输出为

[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.4.1\\bin\\x64;C:\\ProgramData\\Oracle\\Java\\javapath;C:\\Windows\\system32;C:\\Windows;C:\\Windows\\System32\\Wbem;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Program Files\\ActivIdentity\\ActivClient\\;C:\\Program Files (x86)\\ActivIdentity\\ActivClient\\;C:\\Program Files (x86)\\Addinsoft\\XLSTAT\\;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\"

我假设我的错误出现是因为我没有“Rtools in”目录。我试过了，

Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "mypath/to/zip.exe")

但不是运气。那么我该如何纠正这个问题呢？

Answer 1

这解决了我的问题。

Sys.setenv(PATH = paste("C:/Rtools/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))
Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")

Answer 2

要回答 John Doe 的问题，您可以通过将此行添加到您的

.Rprofile

:

来确保 Rtools 始终位于且仅适用于 R 的路径中

Sys.setenv(PATH = paste("C:/Rtools/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))

.Rprofile

需要位于命令

Sys.getenv("HOME")

所指向的路径。