如何在 snakemake 中使用 lsf.yaml？

Question

我想在LSF中使用snakemake。我遵循的是 这个网址 .

我的Snakefile包含。

rule all:
input:
    "foo.txt",
    "file.out"

rule foo:
    input: "foo.txt"
    output: "bar.txt"
    shell:
        "set +o pipefail; grep bar {input} > {output} "

rule bar:
    input: "bar.txt"
    output: "file.out"
    shell:
        "echo blah > {output}"

在相同的路径中，我有lsf. yaml文件。这个文件包含。

__default__:
  - "-q medium"
foo:
  - "-q short"

当我用命令.Snakemake -j 1运行它时，它运行得很好。

snakemake -j 1

当我试图用lsf测试时，失败了。我运行

snakemake -j 1 --cluster "bsub"

我得到了。

建立作业的DAG... 使用shell：usrbinbash 提供的集群节点：1 作业数：count jobs 1 all 1 bar 1 foo 3 [Thu Jun 18 15:47:21 2020] rule foo: input: foo.txt output: bar.txt jobid: 2 Memory reservation is (MB): 1024 Memory Limit is (MB): 1024 training: 没有这样的队列。作业未提交。错误提交作业脚本（退出代码255）。 正在关闭，这可能需要一些时间。因为一个作业执行失败而退出。看上面的错误信息 完成日志：homestudent6snakemake_test.snakemakelog2020-06-18T154721.snakemake.log。

在日志文件中，我有与上述相同的信息，另外。

提交jobscript时出错（退出代码255）。

我怎样才能让snakemake和LSF一起运行？谢谢。