如何解决“不一致的染色体块错误？

Question

我正在尝试使用 bowtie2 和 samtools 将读取比对到 hg38。在获取 bam 文件并尝试为它们编制索引后，我得到了错误：

E::hts_idx_push\] Chromosome blocks not continuous \[E::sam_index\] Read 'SRR764959.25000002' with ref_name='NC_000001.11', ref_length=248956422, flags=0, pos=91387388 cannot be indexed samtools index: failed to create index for "HFFmerged.bam": No such process

对于分析此类数据的整个过程，我是一个完全的新手。我正在使用 MacBook Air 并尝试使用

fastq-dump

将一些

sra

文件转换为

fastq

，然后我使用

拆分它们

split -l 4000000 input.fastq output_prefix

并用

trim-galore

修剪它们。在将

hg38

索引为

bowtie2

之后，我使用下面的第一段代码来对齐我的读取，然后使用

sam

将我的

bam

文件转换为

samtools

。将所有

bam

文件合并在一起后，我尝试将合并的

bam

文件索引到

samtools

但出现错误：

E::hts_idx_push\] Chromosome blocks not continuous \[E::sam_index\] Read 'SRR764959.25000002' with ref_name='NC_000001.11', ref_length=248956422, flags=0, pos=91387388 cannot be indexed samtools index: failed to create index for "HFFmerged.bam

for file in /Volumes/Untitled/IPStrimmed/*.fq; do
    output=$(basename "$file" .fq).sam
    bowtie2 -x /Volumes/MACOS/Users/rafail/Downloads/HG38/hg38_index -U "$file" -S "/Volumes/Untitled/IPStrimmed/IPSsam/$output"
done