bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

使用 Selenium 访问网站时出现“DisallowedHost”异常

我正在尝试使用 selenium 访问网站以实现自动化数据分析。该站点是 http://dbtoolkit.cistrom.org/ 。我正常访问该网站没有任何问题，但是当

python selenium-webdriver bioinformatics

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如何绘制蛋白质结构的自由能图？

我知道这个问题不适合这个平台，但如果我能得到一些提示，我可以尝试，我一直在尝试绘制蛋白质结构的自由能景观（“Chignolin”...

python bioinformatics protein-database

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使用 deSolve 和函数时的浮点误差、阈值

我正在尝试构建一个简单的病毒动力学模型，为此我编写了一个对三种不同速率的常微分方程进行建模的函数。由于某种原因，尽管其中一个常微分方程中有负项，但当我求解时...

r simulation bioinformatics modeling

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在带有配对样本的设计矩阵中包含年龄、种族等变量（EdgeR）

我正在使用 EdgeR 分析患者治疗前后的差异 RNA 表达。我主要感兴趣的是哪些蛋白质受到治疗的不同影响。其次，...

r bioinformatics

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编码变量 a、b、c 以匹配来自另一个数据点的变量 x

在 R 中做一些生物信息学，我对此很陌生。在我的数据集中，每个患者有两个数据条目。然而，仅记录其中一项的患者特征。要做

r bioinformatics data-manipulation

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如何在Cytoscape中制作没有边缘的聚类图？

我是 Cytoscape 的新手，想要可视化类似于下图所示的聚类图。在此输入图像描述但是，我还没有找到办法做到这一点。请帮助我克服这个问题

visualization cluster-analysis bioinformatics cytoscape genomics

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通过WSL在Windows中安装bowtie2等生物信息学软件包

我正在尝试用Python开发一个GUI来分析tRNA-Seq数据，它可以在Linux和Windows中运行。为此，需要运行一些程序，例如：bowtie2、samtools 或 bedtools，它们可以是

python cmd conda bioinformatics windows-subsystem-for-linux

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Snakemake：将代码库与原始数据和结果分离的最佳实践？

我是 Snakemake 的新手，我制作了一个对我的团队非常有帮助的管道。到目前为止，我已经运行了两批数据。为此，我创建了两个具有以下结构的单独目录克隆，...

python bioinformatics snakemake

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从 Saezlab 安装 LIANA R 软件包时遇到问题

我正在努力安装藤本植物。我最初按照 saezlab GitHub 上的安装说明进行操作，但收到此错误：遥控器::install_github('saezlab/liana') 错误：无法安装“未知的 pac...

r installation bioinformatics

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Fastq.gz 文件的奇点命令识别问题

我正在使用 Snakemake 和 Singularity 开发猎枪式宏基因组学管道，但在尝试在 Snakemake 中执行 Singularity 命令来分析 fastq.gz 文件时遇到困难。

linux docker permissions bioinformatics singularity-container

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使用biopython查询NCBI不同物种的基因组版本

从 base_entrez_fetch 读取 NCBI 输出时，不同物种的基因组版本似乎存储方式不同。例如，在斑马鱼中，可以在以下位置找到它：测试=base_entrez...

python bioinformatics biopython ncbi

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R 中的组合表：第一个表中的条目嵌套在第二个表的每个条目下

我有以下两个表，ProteinList 和 PeptideList。每种蛋白质有多种肽。我想制作一个组合表，其中每个肽列表都嵌套在蛋白质 e...

r merge bioinformatics

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ModuleNotFoundError：没有名为“scanpy”的模块（python）

我已经安装了scanpy，当我用pip检查时显示它在那里： C:\Users\plain>pip show scanpy 名称：扫描版本：1.8.2 摘要：Python 中的单细胞分析。主页：http://github.com/

python bioinformatics scanpy

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如何从Python对象派生snakemake通配符？

我正在学习snakemake来开发基因组学管道。由于输入/输出很快就会变得非常多样化，我想花一些额外的时间来了解构建 Snakemake 的基础知识

python bioinformatics snakemake

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残留接触图

如何使用Biopython从PDB文件计算蛋白质残基接触图，最终接触图作为.npy文件存储在Numpy数组中。如果可以的话，请给我一些明确的指导或

bioinformatics biopython protein-database

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根据常见子模式对短的同质字符串（DNA）进行聚类并提取类的共识

任务：将大量短 DNA 片段聚类到共享共同子序列模式的类别中，并找到每个类别的共有序列。泳池：约。 300 个序列片段 8 - 20 让...

string cluster-analysis bioinformatics dna-sequence

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创建一个采用 2 个 DNA 序列的函数，检查它们是否具有相同的长度、是否是有效序列以及它们具有什么类型的突变

我正在尝试创建一个函数，它接受 2 个 DNA 序列作为参数并检查 3 件事（按此顺序）：比较它们以查看它们的长度是否相同检查它们是否都有效

python-3.x function jupyter-notebook bioinformatics dna-sequence

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将“DeseqStats”对象转换为 pandas 数据框？

是否可以将 DeseqStats 对象从 PyDESeq2 转换为 Pandas DataFrame？ results_summary = stat_res results_as_html = results_summary.tables[1].as_html() pd.read_html(results_as_html, h...

bioinformatics rna-seq sequencing

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Snakemake 工作流程独立工作，但作为模块导入时失败

我有两条工作管道。第一个管道从配置文件获取输入，然后创建 .csv 输出文件。第二个管道接收前一个管道的 .csv 输出。当我运行这些时

python bioinformatics snakemake

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提交的 Snakemake 规则开始运行并立即失败，没有抛出任何错误，但 Snakemake 继续运行

我为我的项目编写了一个snakemake管道，其中一部分看起来像这样：样本，= glob_wildcards("/absolute/path/to/samples/{sample}.bam") 统治一切：输入：

python bioinformatics snakemake

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