biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

使用 BioPython 从 PubMed 中提取摘要并写入 CSV

我对Python很陌生，想使用bio entrez包从pubmed中提取摘要。我可以根据给定的 ID 列表获取摘要并写入 csv。我的代码是：论文 = fetch_det...

python abstract biopython pubmed

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计算给定序列的所有可能组合（Python）

我有以下字典，其中包含每个氨基酸（键|字母）所有可能的密码子（值|三联体）。这本字典在生物信息学中也被称为“DNA密码子表”。

python python-3.x combinations combinatorics biopython

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使用biopython查询NCBI不同物种的基因组版本

从 base_entrez_fetch 读取 NCBI 输出时，不同物种的基因组版本似乎存储方式不同。例如，在斑马鱼中，可以在以下位置找到它：测试=base_entrez...

python bioinformatics biopython ncbi

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残留接触图

如何使用Biopython从PDB文件计算蛋白质残基接触图，最终接触图作为.npy文件存储在Numpy数组中。如果可以的话，请给我一些明确的指导或

bioinformatics biopython protein-database

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如何使用 re.findall、FASTA-input 迭代使用 SeqIO 创建的列表

我现在在这上面花了太多时间（+10小时）。输入是 fasta 格式的文件。输出应该是包含基因 ID 和匹配模式（三种不同模式）的文本文件我想要...

python regex biopython python-3.12

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使用物种和菌株名称、使用网络抓取（使用 BeautifulSoup 或 Selenium）难以提取 GenBank 登录号

我需要使用 BeautifulSoup 和/或 Selenium 从网页中提取特定信息。我正在尝试从网页中提取与特定生物体相关的信息，但我遇到了

python selenium-webdriver beautifulsoup biopython

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标题：使用物种和菌株名称、使用网页抓取（使用 BeautifulSoup 或 Selenium）难以提取 GenBank 登录号

我需要使用 BeautifulSoup 和/或 Selenium 从网页中提取特定信息。我正在尝试从网页中提取与特定生物体相关的信息，但我遇到了

python selenium-webdriver beautifulsoup biopython

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如何打印 BLAST 搜索中的最佳匹配结果？ / BioPython

我正在尝试使用核苷酸序列进行BLAST搜索并打印最佳匹配命中，但不确定应该使用哪个选项/命令。有像 max_hpsp 和 best_hit_ove 这样的选项...

biopython blast hit

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我在 xml 中的每一行前面收到一个字节类型，我已经修剪了该字节类型，但是任何解析器都无法读取该 xml。如何解析pmc xml？

我正在尝试提取与搜索查询匹配的整个PMC全文文章，然后我得到IDList。然后 IDList 被传递到 Efetch 中以获得响应。响应格式是...

python xml elementtree biopython pubmed

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修改.pdb文件中的值并另存为新文件

对于作业，我必须在 Python 中读取一个小的 .pdb 文件，更改一些值，然后将其另存为新的 .pdb 文件。我的原始文件是这样的： ATOM 19 HD2 TYR 1 26.910 61.717 39.8...

python bioinformatics biopython pdb pdb-files

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NotXMLError：无法解析 XML 数据

我正在尝试使用 Biopython 中的 Entrez 模块从 PubMed Central 检索全文文章。这是我做同样事情的代码。导入 urllib3 导入 json 导入请求从 Bio 导入 Entrez

python biopython pubmed rentrez pubmed-api

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即使安装了任何Python模块也找不到模块

我正在使用 VS code 和 python 3.10.5 以及 pip 24.0。即使安装后我也收到 nomodulefound 错误。我想使用 biopython 和 sciki-allele。我也创建了虚拟环境。你的...

python visual-studio-code data-science biopython

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无法在Wing IDE中导入Biopython

我使用Homebrew安装了Python3，然后使用pip安装了Biopython。 Python3的路径是： /opt/homebrew/bin/python3 biopython的路径是：/Library/Frameworks/Python.framework/Versio...

python-3.x homebrew biopython wing-ide

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使用 nglview.show_biopython(struct) 时出现文件 I/O 错误

所以我一直在尝试用Python可视化蛋白质，所以我在youtube上找到了一些教程，最后我找到了一个教程，教你如何可视化来自CO的蛋白质...

python jupyter-notebook anaconda bioinformatics biopython

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BioPython 进化到 Networkx 标记节点

我有一棵纽维克树 newick_tree_string = "(p1,(((((((p10,p5),p11),((p14,p6),p8)),p16),(((p12,p13) ,p15),p2)),p9),(p3,p7)),p4)" 我需要将其转换为 networkx 形式，其中节点...

data-structures networkx biopython

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BioPython phylo：如果列表中有节点，则折叠树上的节点并重命名相应的折叠节点

我有一个 Newick 格式的系统发育树，我想从中删除特定列表中的所有物种并相应地重命名。这是树： ((((A：0.1，B：0.2)：0.3，C：0.3)：0....

biopython phylogeny

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使用 Biopython 的搜索词返回登录号

我正在尝试使用 Biopython (Entrez) 和搜索词来返回登录号（而不是 GI*）。这是我的代码的一小段摘录：从 Bio 导入 Entrez Entrez.email = '

python biopython

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蛋白质序列聚类（有/无 MSA）

我有 NGS 数据（仅限唯一克隆），我想使用 Python 语言根据相似性（最好是聚类）对它们进行分组。请查看以下示例序列。也给我...

python-3.x data-science bioinformatics biopython hierarchical-clustering

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Biopython bioSQL 无法使用 server.remove_database('dbname') 删除数据库

bioSQL 无法使用删除数据库 server.remove_database('dbname') 刚刚安装了biosql和mysql，并尝试创建名为“orchids”的测试数据库。它创建并添加...

python mysql biopython ncbi

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使用 query_id 检索 BLAST 请求

有没有办法检索使用 Biopython 发出的 BLAST 请求使用请求的 query_id 的库？或者，是否可以在爆炸结果完成之前检索 query_id，...

python biopython blast

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