biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

你怎么能在python中分析fna.gz？

鉴于我的fna.gz基因组输入，我想返回第n个碱基对。理论上它会像这样工作：allele = genome [14325] print（allele）＃：G这是我现在的代码：来自Bio import SeqIO ...

python bioinformatics biopython

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在Bio.Enter（BioPython）中将e-utils命令转换为等效命令

我在使用BioPython连接每个命令时遇到了一些麻烦。有人可以帮助我使用BioPython将此命令行转换为等效命令行吗？ esearch -db assembly -query“GCF_002514765.1”| ...

python-3.x biopython

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如何使用python获取具有条件的序列计数（在fasta中）？

我有一个fasta文件（fasta是一个文件，其中标题行以>开头，后跟与该标题对应的序列行）。我想获得与TRINITY和总数相匹配的序列数...

python bioinformatics biopython fasta

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Python 3.x - 如何有效地将对象数组拆分为较小的批处理文件？

我是Python的新手，我正在尝试将一个文本文件拆分成两个行，其中包含最多两个行。 400个物体。我正在使用的数据是FASTA中的数千个序列......

python python-3.x generator next biopython

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关于Ubuntu的ClustalW

在biopython食谱中，我找不到如何实际运行clustalw。我已经完成了食谱上的内容，但它没有运行clustalw只是打印clustalw2 -infile = opuntia.fasta任何人都可以......

python ubuntu bioinformatics biopython

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使用蛋白质的基因标识符检索DNA序列

我使用Biopython尝试检索对应于我有GI的蛋白质的DNA序列（71743840），从NCBI页面这很容易，我只需要查找refseq。我的问题 ...

python bioinformatics biopython ncbi

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使用NCBIWWW从BlastP输出的结果与我的预期不符

我正在尝试使用NCBIWWW获得特定蛋白质的blastP结果。问题是发回的东西不是我认为的对齐数据，我得到的就是这个（这是内容......

biopython blast

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使用biopython对应于蛋白质序列中缺失残基的缺口字符

我从pdb中提取序列而没有遗漏残基，但我需要一个具有缺口（短划线字符）替换缺失残基的序列。我该怎么做？谢谢

biopython pdb

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pandas读取csv忽略换行符

我有一个数据集（对于那里的compbio人，它是一个FASTA）充满了换行符，不作为数据的分隔符。有没有办法让pandas在导入时忽略换行符，...

python pandas biopython

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Python将RNA seq转换成单字母氨基酸序列

在编写将给定的RNA核苷酸序列转换成氨基酸序列的代码时，我需要一些帮助。我目前已经使用了2个字典：氨基酸密码子之一和......

python dictionary bioinformatics biopython dna-sequence

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在python循环中打印来自交替文件的行

我试图使用python在两个单独的文件中找到感兴趣的四行块，然后按受控顺序打印出一些这些行。下面是两个输入文件和一个例子......

python bioinformatics biopython fasta fastq

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如何在Python中打印文件中的某些行

我想帮助弄清楚如何在.txt文件中只打印出给定数量的行。我创建了一个带有2个输入参数的函数文件（x，y），第一个'x'是文件，...

python python-3.x bioinformatics biopython fasta

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如何使用python或R将三个字母的氨基酸代码转换为一个字母代码？

我有一个fasta文件，如下所示。我想将三个字母的代码转换为一个字母代码。我怎么能用python或R做到这一点？ > 2ppo ARGHISLEULEULYS> 3oot METHISARGARGMET所需...

python r bioinformatics biopython

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