我是Python的新手，我正在尝试将一个文本文件拆分成两个行，其中包含最多两个行。 400个物体。
我正在使用的数据是FASTA格式的数千个序列（带有标题的纯文本，用于生物信息学），其中条目如下所示：
> HORVU6Hr1G000325.5
PIPPPASHFHPHHQNPSAATQPLCAAMAPAAKKPPLKSSSSHNSAAGDAA
> HORVU6Hr1G000326.1
MVKFTAEELRGIMDKKNNIRNMSVIAHVD
...
在Biopython中，有一个解析器SeqIO.parse允许将这些作为由ID和字符串组成的对象数组来访问，我需要在代码的后续部分使用它，因为我需要内存效率，所以我会喜欢避免读取/解析源文件的次数超过必要的次数。
在Biopython手册中，有一种推荐的方法可以通过我正在使用的生成器来实现：https://biopython.org/wiki/Split_large_file
但是，我使用的是Python 3.7，而Python 2.x中有代码，因此肯定会有一些必要的更改。我改变了
entry = iterator.next（）
成
entry = next（迭代器）
但我不确定这是否需要改变。
这是代码：
def batch_iterator(iterator, batch_size=400):
"""Returns lists of length batch_size."""
entry = True # Make sure we loop once
while entry:
batch = []
while len(batch) < batch_size:
try:
entry = next(iterator)
except StopIteration:
entry = None
if entry is None:
# End of file
break
batch.append(entry)
if batch:
yield batch
while True:
bsequence = input("Please enter the full path to your FASTA file(e.g. c:\\folder1\\folder2\\protein.fasta):\n")
try:
fastafile = open(bsequence)
break
except:
print("File not found!\n")
record_iter = SeqIO.parse(fastafile,"fasta")
num = 0
for line in fastafile:
if line.startswith(">"):
num += 1
print("num=%i" % (num,))
if num > 400:
print("The specified file contains %i sequences. It's recommended to split the FASTA file into batches of max. 400 sequences.\n" % (num,))
while True:
decision = input("Do you wish to create batch files? (Original file will not be overwritten)\n(Y/N):")
if (decision == 'Y' or 'y'):
for i, batch in enumerate(batch_iterator(record_iter, 400), 1):
filename = "group_%i.fasta" % (i + 1)
with open(filename, "w") as handle:
count = SeqIO.write(batch, handle, "fasta")
print("Wrote %i records to %s" % (count, filename))
break
elif (decision == 'N' or 'n'):
break
else:
print('Invalid input\n')
...next part of the code
当我运行它时，在Y / N提示后，即使我输入Y，程序也只是跳到代码的下一部分而不创建任何新文件。调试器显示以下内容：
Do you wish to create batch files? (Original file will not be overwritten)
(Y/N):Y
Traceback (most recent call last):
File "\Biopython\mainscript.py", line 32, in batch_iterator
entry = next(iterator)
StopIteration
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files (x86)\Thonny\lib\site-packages\thonny\backend.py", line 1569, in _trace
return self._trace_and_catch(frame, event, arg)
File "C:\Program Files (x86)\Thonny\lib\site-packages\thonny\backend.py", line 1611, in _trace_and_catch
frame.f_back, event, marker_function_args, node
File "C:\Program Files (x86)\Thonny\lib\site-packages\thonny\backend.py", line 1656, in _handle_progress_event
self._save_current_state(frame, event, args, node)
File "C:\Program Files (x86)\Thonny\lib\site-packages\thonny\backend.py", line 1738, in _save_current_state
exception_info = self._export_exception_info()
File "C:\Program Files (x86)\Thonny\lib\site-packages\thonny\backend.py", line 1371, in _export_exception_info
"affected_frame_ids": exc[1]._affected_frame_ids_,
AttributeError: 'StopIteration' object has no attribute '_affected_frame_ids_'
我忽略了Python 2.x和3.x之间有什么区别吗？问题出在别处吗？这种做法完全错了吗？提前致谢！
我不能检查你的整个代码，因为你已经省略了它的一部分，但我可以在这里看到两个错误的东西：
num = 0
for line in fastafile:
if line.startswith(">"):
num += 1
这些行正在耗尽你的文件对象fastafile。完全删除这些行（并记住修复下面的缩进，删除if num > 400:检查等）。
if (decision == 'Y' or 'y'):
这不符合你的想法。将其更改为if decision in ('Y', 'y'):或if decision.lower() == 'y':。你在if (decision == 'N' or 'n'):这行重复这个模式，所以也改变它。
进行更改并尝试再次运行代码。
第一个问题：在Python中，文件对象（即open('filename.txt', 'r')返回的内容）是一个生成器，这意味着它只能迭代一次。起初看起来有点奇怪，但这是使用发电机的重点。作为文件对象的生成器允许文件逐行循环，而不必一次加载整个文件内容 - 生成器只跟踪下一行。
另一方面是他们不能倒退，所以当你写下你的for line in fastafile区块时，你会耗尽发电机。当你后来尝试调用batch_iterator(record_iter, 400)时，record_iter中的生成器已经用尽了，这就是为什么你以后会遇到错误 - 如果没有什么可以解析的话，batch_iterator无法解析fasta序列。
第二个问题：对于具有布尔运算符（如if (decision == 'Y' or 'y'):）的条件，Python将始终单独评估双方。所以Python实际上看到了if (bool(decision == 'Y') or bool('y')):。
由于bool('y')评估为True（就像任何非空字符串一样），你的表达式变成了if (bool(decision == 'Y') or True):，这显然总是正确的。
使用我建议的方法之一，以便将变量与条件中的多个值进行比较。