bioinformatics 相关问题

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Snakemake处理从文件读取的PE名称

我有 config.txt，其中包含配对末端读取的名称：前进后退样本1_forward.fastq.gz 样本1_反向.fastq.gz 样本2_forward.fastq.gz 样本2_反向.fastq.gz 样本3_forward.fastq.gz

bioinformatics snakemake

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Pymol 脚本，迭代是如何工作的？如何从 Iterate 输出生成 CSV

我想知道 Pymol 的内置功能实际上是如何工作的。当我定义一个像“取一些原子名称”这样的函数时，“计算一些适当性（例如二面体）”。然后功能...

python scripting bioinformatics pymol

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按 DNA 长度对 multiFASTA 文件进行排序

我正在尝试按长度对 multiFASTA 文件进行排序。我已经弄清楚了字母排序，但我似乎无法得到数字排序。输出应该是排序的 multiFASTA 文件。这是一个选项...

sorting perl bioinformatics bioperl

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使用 nglview.show_biopython(struct) 时出现文件 I/O 错误

所以我一直在尝试用Python可视化蛋白质，所以我在youtube上找到了一些教程，最后我找到了一个教程，教你如何可视化来自CO的蛋白质...

python jupyter-notebook anaconda bioinformatics biopython

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运行 pacbio + dada2 工作流程时出错

我运行了以下命令，并且在下面附加了错误，您能否建议我可能的解决方案？ # 将 dada2 对象和分类分配保存到 RDS 文件中以供将来使用保存...

r bioinformatics

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在 Docker 中容器化 Snakemake 管道，同时还使用 Docker 进行独立的环境控制

我在使用 Docker 构建我的 Snakemake 工作流程时遇到了一些麻烦。简而言之，我正在尝试对“Snakemake 位”（例如：snakefile、脚本等）进行 dockerize 并独立对 eac 进行 dockerize...

docker containers bioinformatics cicd snakemake

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将 ODE 模型拟合到基于代理的模拟的感染数据

我正在尝试使用 scipy.optimize 将易感感染恢复（SIR）ODE 模型拟合到 python 中的感染数据，但是 ODE 模型的感染曲线导致感染延迟上升......

python bioinformatics curve-fitting ode agent-based-modeling

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蛋白质序列聚类（有/无 MSA）

我有 NGS 数据（仅限唯一克隆），我想使用 Python 语言根据相似性（最好是聚类）对它们进行分组。请查看以下示例序列。也给我...

python-3.x data-science bioinformatics biopython hierarchical-clustering

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conda创建NGS环境，sra-tools fastqc multiqc samtools Bowtie2 hisat2 subread

我无法轻松地使用 conda 创建包含我想要的 NGS 工具的环境。我重新安装了 conda 以重新开始，因为我在基本环境中有很多 python 包。我也趁这个机会...

installation anaconda conda bioinformatics apple-m1

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将多个文件合并为两个公共列，并将空白替换为0

如果有人能帮助我将多个文件（最多 8 个）与两个公共列（$1$2）合并，我将非常感激。我想获取 $3 的所有值并将空白替换为 0。这是示例...

bash awk bioinformatics vcf-variant-call-format bed

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如何编写Python程序（不使用biopython）来从多fasta文件中读取并列出每个序列的所有开放阅读框（ORF）

我是学习Python的初学者，需要一些帮助来尝试从多fasta文件中获取以下详细信息：列出多 fasta 中每个序列的所有三个阅读框中的所有 ORF

python-3.x bioinformatics biopython

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从 Entrez 下载完整记录

我无法从 NCBI 获取大肠杆菌基因组的数据。为此，我使用了两个文档来获取数据http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec149 http://biopython.org/...

python pandas data-science bioinformatics biopython

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从 NCBI 下载基因或基因组

获取基因 ID 符号 = ['gyrB', 'atpD', 'lepA'] def get_gene_ids(符号, 分类单元): GeneApi =gene_api.GeneApi() gene_metadata = GeneApi.gene_metadata_by_tax_and_symbol（符号，分类单元）

sequence bioinformatics taxonomy biopython ncbi

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如何使用Python绘制系统发育树

我在Excel文件中有一些物种的距离矩阵，想用Python绘制系统发育树。是否可以，如果可以，那么应该发出哪个命令？距离矩阵在

python numpy bioinformatics biopython

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Nextflow 生物信息学 snp 调用初学者问题：一个进程的一对文件输出作为另一个进程的输入

我刚刚开始学习nextflow。我一直在关注此处提供的 rna seq 教程：https://training.nextflow.io/basic_training/rnaseq_pipeline/#quality-control 但有几个

bioinformatics nextflow

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使用Python反向互补DNA链

我有一个 DNA 序列，想使用 Python 获得它的反向互补序列。它位于 CSV 文件的其中一列中，我想将反向补码写入同一列中的另一列

python list bioinformatics biopython dna-sequence

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为idat 文件创建示例表(.csv)

我正在尝试基于 GEO 数据 (GSE166427) 上的 ChAMP 包来分析差异甲基化基因。虽然，我想知道我应该如何生成“Sample Sheet.csv”文件来完成我的

r bioinformatics illumina

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如何将值插入fastq文件中缺失的区域？

理解 fastq 文件，其中有 4 行重要内容。以@开头的行包含序列标识符。含有 DNA 序列的线。以+（加号）开头的行表示开始...

bash awk sed bioinformatics

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#`[.default`(prefix_ad, attempts) 中的错误：无效的下标类型 'S4'

我正在尝试运行此代码#甲基化数据：前缀_广告 <- data.frame( Chromosome = c("Ecoli_K12", "Ecoli_K12", "Ecoli_K12", "Ecoli_K12", "Ecoli_K1...

r bioinformatics

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如何将 Ensembl ID 转换为 R 中的基因符号？

我有一个 data.frame，其中一列包含 Ensembl ID；我想找到该列值的相应基因符号，并将它们添加到我的数据框中的新列中。我用了bioMaRt...

r dataframe bioinformatics bioconductor

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