conda创建NGS环境,sra-tools fastqc multiqc samtools Bowtie2 hisat2 subread

问题描述 投票:0回答:1

我无法轻松地使用 conda 创建包含我想要的 NGS 工具的环境。我重新安装了 conda 以重新开始,因为我在基本环境中有很多 python 包。我还趁机安装了完整的 anaconda3 而不是我之前安装的 miniconda,现在我有足够的空间了。

虽然所有软件包都可以通过bioconda获得,但我可以添加到我的环境中的唯一两个是fastqc和multiqc。在此之前,我可以使用 miniconda3 在基本环境中安装 sra-tools 和 fastqc。

配置:MacOS Monterey 12.1 M1 芯片。从我的旧 MacBook Air 迁移到最新的时间机器 BKP。我使用 anaconda-clean 程序卸载了 miniconda,之后我还删除了应用程序文件夹中的 python 3.9.5,这是我一年前在了解 conda 之前最初安装的开始学习的。

还需要提及以防万一它可能有帮助: Anaconda-navigator 未由 Anaconda3-2022.05-MacOSX-arm64.pkg 安装(sha256 完整性检查正常) 在 anaconda 网站上检查安装/导航器故障排除后,我在启动间谍程序时遇到错误:

```(ModuleNotFoundError: No module named 'PyQt5.QtWebEngineWidgets')```

有人知道找不到包裹的情况是从哪里来的吗?

感谢您的帮助! 最好的,丹尼尔

环境创建命令和控制台输出:

(base) mymac:~ D________$ conda create --name ngstools fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2 hisat2 subread -c conda-forge -c bioconda -c bioconda/label/cf201901

终端输出:

收集包元数据(current_repodata.json):完成

解决环境:current_repodata.json 中的 repodata 失败,将使用下一个 repodata 源重试。

收集包元数据(repodata.json):完成 解决环境:失败

PackagesNotFoundError:当前渠道无法提供以下软件包:

  • hisat2
  • 副读
  • 领结2
  • samtools
  • sra-工具

当前频道:

要搜索可能提供您正在寻找的 conda 包的替代渠道,请导航至 https://anaconda.org 并使用页面顶部的搜索栏。

installation anaconda conda bioinformatics apple-m1
1个回答
4
投票

序言评论

目前我不会向拥有 M1 机器的生物信息学用户推荐这种配置。 Bioconda 中尚不支持 osx-arm64。我希望通过从 base 进行仿真 (osx-64) 中的所有内容,可以发现最少的配置问题。或者您可以继续使用 osx-arm64 基础(就像现在一样),但使用

subdir
设置 创建新环境。下面的答案显示了朝这个方向迈出的步骤。

另外,我会非常避免使用 Anaconda/Miniconda。 Miniforge 基础是我向所有生物信息学家推荐的。并在全球范围内设置Bioconda渠道

最后,只有高级用户才应使用频道标签(例如,

bioconda/label/cf201901
)。我意识到它们会自动显示在 Anaconda Cloud 上,但它们仅适用于大多数用户永远不会遇到的特殊情况。


立即解决方法

如果您想保留 osx-arm64 基础,那么您需要为 NGS 工具创建 osx-64 环境。我推荐以下最佳实践方案:

## create empty environment
conda create -n ngstools

## activate environment
conda activate ngstools

## configure architecture
conda config --env --set subdir osx-64

## configure channels for Bioconda
conda config --env --add channels defaults
conda config --env --add channels bioconda
conda config --env --add channels conda-forge

## install packages
conda install fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2 hisat2 subread

这很复杂,在 osx-arm64 获得全面支持之前,您必须为每个需要模拟和 Bioconda 的环境执行此操作。因此,为什么我建议您重新安装 osx-64 基础(Miniforge),这样就可以工作了。

© www.soinside.com 2019 - 2024. All rights reserved.