Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。
我有一个包含多个 SNP 的 vcf 文件，现在我想看看这些 SNP 是否均匀分布在我从中获取 SNP 的 bam 文件的读取中。具体来说，我想绘制...
如何在 R 中使用 Biostrings 进行的成对比对中提取所有完美匹配 > 10 个核苷酸？
我已经对齐了2个DNAStringSet，并使用了Biostring包。我想提取序列中完全匹配且长度至少为 10 个核苷酸 (nt) 的所有部分，以及
我正在尝试从 GDC 检索并准备一些数据，并且正在运行从 YouTube 视频复制粘贴的以下代码：video。 下面是代码： 库（TCGAbiolinks） 图书馆（tidyver...
我有一个 data.frame，其中一列包含 Ensembl ID；我想找到该列值的相应基因符号，并将它们添加到我的数据框中的新列中。 我用了bioMaRt...
我想创建一个带有现有 data.table 的 IRanges 范围 <- IRanges::IRanges( start = x$position, wdith = 1 ) length(ranges) [1] 31253 However, My data.table is a table with...
区分通过 CRAN 和 Bioconductor 安装的软件包 [R]
我在conda环境中安装了一堆R包，我想创建类似于conda env导出的东西，但是在R中。 您可以从以下位置获取包名称和版本控制（来源）： ip = 一个...
我正在 R 中使用 ComplexHeatmap 包，并通过 k 均值聚类（行和列）分割我的热图。行的聚类效果很好。对于列，我得到一个 4 列簇（对照）并且......
我正在使用 ComplexHeatmap 在 R 中创建热图。我在这里重新创建了一个小热图。我无法从文档中弄清楚如何调整 x 轴上文本的字体大小。 a = 垫...
如何最大化R fuzzyjoin/stringdist速度和内存效率
我有2个包含短（长度== 20）序列的数据帧，我想将它们与字符串距离分析技术进行比较，返回高度相似的序列，汉明距离不大于...
我正在尝试使用 R 2.5.0（我知道这很旧）和 affyPara 包（也很旧）构建一个 docker 映像。 affyPara 应受 Bioconductor 版本 2.7 支持，该版本应在
这是我在这个论坛中的第一个问题，但因为它之前对我有很大帮助，我希望你能帮助我解决我的问题。 我正在对肿瘤样本进行遗传分析，并且我已经...
我正在尝试从bioconductor 安装“celldex”包，但始终获得非零退出状态。 我安装了最新版本的 R、RStudio 和 bioconductor（在 MacOS 上）。我正在...
他们是一种将丰富列表从 CBNplot 转换为数据框的方法，这样我就可以使用函数 bngeneplotCustom 吗？ https://github.com/noriakis/CBNplot
DEseq2结果，enrichGO和ENSEMBL ID不匹配
我正在尝试做DEG，然后对结果使用enrichGO。 我最初在 DESEQ2 中使用代码 dds=DESeqDataSet(se,design=~TRAIT) dds=DESeq(dds) res=结果(dds) 我目前有 DESEq2 的结果...
从 CRAN 安装 R 包不包括 Bioconductor 包
我在 CRAN 上有一个 R 包。当我使用 install.packages("mypackage") 安装它时，我收到警告消息 warning in install.packages : dependency ‘x’, ‘y’ are not available, with ...
如何通过长长的依赖链自动安装CRAN包所依赖的Bioconductor包？
我有一个 CRAN 上的包 metagam，它通过了 CRAN 的所有自动化测试。但是，该包通过依赖关系链 metagam 依赖于 Bioconductor 包 multtest &...
ViSEAGO - 感兴趣的基因：“背景”和“选择”文件输入
我正在尝试使用 ViSEAGO 在 Solanum lycopersicum 中对差异甲基化基因 (DMG) 进行 GO 可视化。 根据 ViSEAGO 指南 (http://127.0.0.1:27724/library/ViSEAGO/doc/ViSE...
我正在尝试将 S4 对象（来自 Matrix 包的 dgCMatrix 类的稀疏矩阵）传递给另一个包（Wrench）中的函数。我遇到了一些非常奇怪的行为，我正在努力
Windows 上的 Anaconda Powershell 问题以及通过 .yaml 文件建立环境：“ResolvePackageNotFound:”
我对任何命令行都非常陌生，目前正在尝试从 git hub 存储库建立一个 snakemake 工作流程。 git-hub 仓库中给出的要求是 miniconda 和 sna...
我正在尝试将患者级别的元数据添加到现有的 Seurat 对象中。这包括每个参与者的生化信息，例如血糖、HsCRP、BMI 等。如何将这些数据添加到我的