bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

使用apply函数加速嵌套for循环

我不擅长使用apply系列函数。我想使用apply系列函数而不是跟随类型的嵌套循环迭代9076 x 9076次以提高计算速度。最小的......

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从R中的数据库查询内容

我在R的Bioconductor包中使用hmdbquery包来过滤HMDB数据库中记录的一些代谢物的浓度。我指的是可用的hmdbquery手册......

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HGNC基因名称的基因组坐标

我想使用GenomicFeatures和Bioconductor的TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene R软件包从我的列表(由hgnc基因id组成)中获取人类基因的坐标。库(TxDb.Hsapiens ....

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在csv文件中编写和加载表达式集

在R中,可以使用csv.write将bioconductor ExpressionSet写入csv文件。例如,使用可用作bioconductor包的标准膀胱填充数据,以下代码编写csv ...

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conda skeleton cran使用错误的R版本

我试图从CRAN打包一些R包以在conda环境中使用,因为我使用Python和R包的组合用于生物信息学管道。由于其他依赖,我......

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安装Bioconductor软件包自动化

我试图在R脚本的Ubuntu 16.04上自动安装Bioconductor及其不同的软件包。但是,每个安装都需要交互来说 - 是,是的我想安装它和-...

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删除列中具有某些特定值的行

我想删除包含chr1_ _random的行,然后根据chr和start列对数据进行排序:data:Coordinates chr start end ...

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WGCNA中的灰色模块是否有任何大小限制?

WGCNA分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的,也可以用数字编号。通常灰色模块在数字中也标记为0对应于...的集合。

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在矩阵中查找保守列

我想要一些帮助。我有一个21行的矩阵和一个先前未定义的列数(取决于输入)。每个单元格都有一个数字,表示该行元素出现的次数...

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