Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。
Windows 上的 Anaconda Powershell 问题以及通过 .yaml 文件建立环境：“ResolvePackageNotFound:”
我对任何命令行都非常陌生，目前正在尝试从 git hub 存储库建立一个 snakemake 工作流程。 git-hub 仓库中给出的要求是 miniconda 和 sna...
我正在尝试将患者级别的元数据添加到现有的 Seurat 对象中。这包括每个参与者的生化信息，例如血糖、HsCRP、BMI 等。如何将这些数据添加到我的
meth.genes 是一个字符向量，基于与 meth 数据框的行名相对应的基因名称。然而，这是一对多的匹配，一个基因可以映射到多个ro...
在带有 R 4.2.1 内核的 jupyter notebook 中安装 bioconductor 包时出现问题
我正在尝试在 anaconda 中安装 bioconductor 的软件包，当我尝试安装时，许多软件包都会出现以下错误。 例如，当我在 anaconda 术语中运行以下命令时...
Running fGSEA, not all stats values are finite numbers 错误：
我正在尝试对我保存的数据运行 fgsea 分析： 水库<- read.delim ("Rank_fgsea_data.rnk", header=T, colClasses = c("numeric", "character")) res$Gene....
从具有 R 中许多物种序列的 fasta 中获取每个物种的共识序列
在 R 中，我有一个 fasta（例如：Andrenidae.FASTA），其中包含来自十几个物种的几百个核苷酸序列。我想为每个物种获得 1 个共识序列。每个序列由 A/C/T/G/N,...
我是R和计算生物学的新手。我正试图通过一个已发布的数据集来检查我自己的项目的基因表达。我很难找到材料来教我如何 ...
用Bioconductor安装sleuth，路径不可写的地方出错？
我在将sleuth安装到R studio时遇到了麻烦。我已经尝试使用stockoverflow中建议的方法进行故障排除，标题为 "安装路径不可写R，无法更新......
在R studio 1.2.1335 & macOS Sierra 10.12.6中使用BiocManager::install安装 "org.Hs.eg.db "的问题。
你好，我试图做探索性分析在R部分I（Coursera课程）。我在macOS Sierra 10.12.6版上使用RStudio 1.2.1335版。我在安装 "org.HS.eg.db "时遇到了麻烦。
将DNAStringSet转换为R中的元素列表？(seq[[1]][["seq"]]中出错：R中下标出界)
我有一个床文件，其中包含DNA序列信息如下。** track name="194" description="194 methylation (sites)" color=0,60,120 useScore=1 chr1 15864 15866 FALSE 894 + chr1 ...。
生物导体和R，在使用getBM()函数试图检索基因序列时出现错误。
我试图使用bioconductor的getBM()函数来检索某个基因的序列。下面是我的脚本： setwd(".") options(stringsAsFactors = FALSE) cat("\014") if (!requireNamespace("...")
在Bioconductor 3.12 (R 4.0.1)中无法安装Systemfonts包。
我最近把R升级到了4.0.1。当我安装bioconductor，Systemfonts的包时，安装失败，并有信息说这是因为一个包没有找到freetype2是... ...
全新安装中没有名为“ GenomeInfoDbData”的软件包
在Sierra上使用R 4.0进行干净安装，并开始重新安装软件包。我需要使用DESeq2并出现以下错误：>在install.packages（...）中：>软件包“ GenomeInfoDbData”的安装具有...
我有一个大的RNA-seq数据表，由ensembl_gene_id列出，但是我想转换为hgnc_symbol，以便于在热图上可视化。到目前为止，我有以下代码-但...
在miniconda3中安装bioconductor-deseq2时出现PackageNotFound错误
我不是conda的新手，正在尝试安装DESeq2软件包中包含的featureCounts。我添加了四个通道：r，conda-forge，defaults和bioconda。但是当我输入命令conda ...
SingleCellExperiment。为什么在单单元格实验中无法成功更改行名和列名？
我必须处理一些数据才能深入了解腺癌。为了获得更多见解，我必须操纵我的数据。到目前为止，我的管道如下：nsclc
我需要Bioconductor-Library提供的包装。所以我安装了BiocManager-Package。但是我无法通过BiocManager :: repositories（）安装软件包。只有消息：在file（con r）...
我正在使用EBImage。我需要一种方法来确定圆是否完全闭合。我尝试过的事情：EBImage :: computeFeatures离心率度量。这是行不通的，因为某些圈子是...
如何在R v3.5.1中安装“ org.Hs.eg.db”软件包？
我刚刚安装了最新的R版本3.5.1，并尝试安装“ org.Hs.eg.db”软件包。但是我在运行代码时收到此错误：> install.packages（“ org.Hs.eg.db”）正在安装...