全新安装中没有名为“ GenomeInfoDbData”的软件包

Question

在Sierra上使用R 4.0进行干净安装，并开始重新安装软件包。我需要使用DESeq2并出现错误

> In install.packages(...) :
>  installation of package ‘GenomeInfoDbData’ had non-zero exit status

编译时出现此错误：

> Loading required package: GenomicRanges Loading required package:
> GenomeInfoDb Error: package or namespace load failed for
> ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()),
> versionCheck = vI[[i]]):  there is no package called
> ‘GenomeInfoDbData’ Error: package ‘GenomeInfoDb’ could not be loaded

我安装了以下生物导体：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")

以及通过BiocManager进行的DESeq2：我已经尝试过BiocManager::install("DESeq2")和BiocManager::install(c("GenomeInfoDb","GenoneInfoDbData")

[当我安装时，它会打印'dbplyr'，'foreign'，'haven'，'httpuv'，'nlme'，'rtracklayer'是旧软件包，无论我如何尝试更新它们，它都会读取相同的警告。

预先感谢-

Answer 1

我有同样的问题。您解决了吗？

Answer 2

BiocManager无法在您的系统上运行的一个可能原因可能是您的R版本对于BiocManager而言太旧了。为了避免出现此问题，请确保已在系统中安装了最新版本的R。 BiocManager支持3.5.0及更高版本的R版本。

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