bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

我具有两个独立的种群结构相关值（list（Gene = structure（1：6，.Label = c（“ Gene_1”，“ Gene_2”，“ Gene_3”，“ Gene_4”，“ Gene_5”，“ Gene_6 “），类=” factor“），WT = ...

r statistics bioinformatics correlation bioconductor

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DESeq2比较all_vs_all级别

我目前正在从事植物病原体的相互作用，并正在尝试使用RNA-seq数据建立基因共表达网络。我使用HTseq-count来获取读取计数。我的数据集由...

r bioconductor

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如何从生物导体（而不是CRAN）安装软件包？

在本教程中，它说的是source（“ http://www.bioconductor.org/biocLite.R”）biocLite（“ limma”）库（limma），它返回各种错误。这是试图从生物导体下载并安装吗，...

r bioconductor

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行名错误

我发现了一个完全相同的问题，没有任何有用的答案，因为作者没有提供他们的文件。我正在按照手册3.2从计数矩阵开始使用DESeq2库。我有我的...

r bioconductor

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尝试在R 3.6.3上安装metaSeq软件包时出错

[我正在尝试使用以下代码安装metaSeq软件包：if（！requireNamespace（“ BiocManager”，悄然= TRUE））install.packages（“ BiocManager”）BiocManager :: install（“ metaseqR”）但我保留了.. 。

r installation package bioconductor

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安装R软件包时出错：使用Anaconda的scran

我正在使用anaconda下载名为scran的R软件包。尽管我已将其下载到我的R库路径，但收到错误消息。当我尝试在R环境中加载程序包时，它也失败了。我是...

r macos anaconda bioconductor

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合并两个自定义.gtf文件（r）

我有两个自定义文件，并且一直试图将它们组合成一个.gtf文件，最终为Kallisto制作一个自定义Fasta。我一直在R和...

r merge bioconductor

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如何改善我的R代码的处理时间

我需要对数据集进行一些操作，但是我的r脚本（如下所示）运行非常缓慢。数据集是一个尺寸为58347 x 41350的数据框。我尝试首先运行R脚本...

r performance dataframe for-loop bioconductor

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mojave上的R Studio软件包具有“非零退出状态”

我已经有一段时间没有使用R了。现在，我需要再次使用它，与此同时，我已更新到mac os mojave。同样，生物导体显然在其安装中切换了……，我们现在必须使用...

r macos rstudio macos-mojave bioconductor

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如何存储作为for循环输出的DNA字符串实例？

我正在使用库（biomaRt），库（Biostrings）和库（BiocManager）。我已经编写了一个代码来提取人类基因组的22号染色体，并使用IRanges函数在特定位置切割它。 ...

r bioconductor

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在使用flowCore :: transform函数编写R程序包时，我是否都可以将变量名用作文本并获取实际值？

我正在尝试将参数传递给一个函数，该参数是一个字符串，但必须同时对其名称（符号？）和值进行评估（请参见下面的示例）。到目前为止，我已经可以使用base :: get来获取...

r bioconductor scoping rlang quosure

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用于使用makeContrasts和eBayes比较散装RNA序列的Limma

经过一天的搜寻后，我决定最好在这里提出这个问题。因此，该实验是我从3位患者（A，B，C）中获得了大量RNA seq数据。他们的RNA seq数据是针对pre -...

r bioinformatics bioconductor rna-seq limma

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获得每个序列最长的范围

我有一个GRanges对象，每个序列名称（例如染色体）的基因组范围不同。如何获得仅包含每个序列名称/染色体最长范围的GRanges？例如，如果gr ...

r bioconductor genomicranges

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WGCNA：选择软阈值功率

powers = c（c（1:10），seq（from = 12，to = 20，by = 2））;在通过WGCNA时，我遇到了我无法理解的代码，有人可以向我解释该代码的含义吗

r machine-learning artificial-intelligence bioconductor

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我已经从SRA下载了fastq文件，但在将其读取到工作区时遇到了问题。还有另一种方法可以将fastq文件读入R吗？

fqsample

r bioconductor

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在基因组范围内发现孤岛

在基因组范围内，一个有趣的问题是基因岛的鉴定。我试图找到最大范围的子集，其中相邻范围不超过特定距离。解决...

r gaps-and-islands bioconductor iranges genomicranges

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将增强版串音包与串扰软件包一起使用时出现错误“非数字”

我想在表格和图表之间实现双向交互作用：在表格中选择将在图表中反映出来的行，在图表中选择一个点，将成为...

r shiny plotly bioconductor ggplotly

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match（x，table，nomatch = 0L）中的错误：'match'需要向量参数

我正在尝试在R Studio云上进行一些Bioconductor练习。运行前两个代码（＃1，＃2）已经可以了，但是最后一个代码（＃3）给出了错误消息。任何人都可以帮忙吗？＃1 ...

r bioinformatics bioconductor

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无法在R上安装软件包

当我尝试安装Bioconductor for R时遇到问题。我到处都在寻找解决方案，但是对我来说没有任何用处。拜托，有什么建议吗？下载的二进制包是...

r bioconductor

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r中的方差数据分析将html中的输出转换为HTML

我有以下提到的数据帧：数据：ID日期Date2类别Sys_Value Ori_Value组位置状态TE-1 2020-01-20 15:12:16 2020-01 -...

r dataframe dplyr knitr bioconductor

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