bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

如何测试是否有基因型效应或时间效应，或两者兼有？

我有一个时变的RNASeq实验用于突变和WT比较。在lfc = 2时，pval = 0.01，我的基因型比较基因（例如Mut1_0h-WT_0h，Mut1_24h-WT_24h）和时间上调的基因已上调...

r statistics bioinformatics bioconductor

回答 1 投票 0

TCGA数据下载困难

r bioinformatics bioconductor mutation maf

回答 1 投票 0

BiocCheck（）用于Bioconductor软件包提交，未显示带有错误/警告/注释的行

我正在运行BiocCheck（“ myPackage”），结果将对存在问题的位置进行注释，但不对问题的位置进行注释。有什么办法可以解决这个问题？ BiocCheck（“ myPackage”）...

r package bioconductor

回答 1 投票 0

'具有字母注释的序列的'位置感知'比对

我们有2个DNA序列（字符串）：> 1 ATGCAT 135198> 2 ATCAT预期输出：首先，我们需要对齐这2个字符串，然后按索引获取相关注释：ATGCAT AT-CAT 13-198第一部分...

python r bioinformatics biopython bioconductor

回答 2 投票 3

具有相同标识符的合拢行[closed]

python r bioinformatics biopython bioconductor

回答 1 投票 -2

R中具有CoverageHeatmap（生物导体）功能的问题

我有两组成对比对，其中查询基因组1（q1）与参考基因组比对，查询基因组2（q2）与相同的参考基因组比对。因此，我有两个对齐方式...

r heatmap bioinformatics bioconductor genomicranges

回答 1 投票 0

GR用作base :: data.frame中的列

我想将Bioconductor的GenomicRanges :: GRanges对象存储为基本R data.frame中的单个列。我想在基本R data.frame中使用它的原因是因为我想写...

r bioconductor genomicranges

回答 1 投票 2

识别整个数组的最大分数

我有一个569个氨基酸残基的序列，每个残基都得到一个分数。我想确定10个此类氨基酸的连续序列，以使得分最大化。有没有一种我可以做的优雅方法...

r bioinformatics bioconductor

回答 1 投票 0

比较三组成对数据和limma。如何进行配对设计

因此，我使用带有Bioconductor（oligo），（limma）软件包的r来分析一些微阵列数据。我在配对分析中遇到麻烦。这是我的表型数据ph @ data ph @ data ...

r bioinformatics bioconductor limma

回答 1 投票 1

从matchPattern中提取值

我正在使用Biostrings软件包中的matchPattern函数来查找基因组中的特定序列。一旦找到，我想显示和匹配实例之间的间隔的频率分布。 ...

r bioconductor genetics

回答 1 投票 0

Gviz IdeogramTrack的自定义颜色？

我想自定义Gviz IdeogramTrack对象的外观。我通过提供一个包含着丝粒和基因组区域位置的data.frame来构建这些轨道I ...

r plot bioconductor

回答 1 投票 0

Bioconductor的包不能在包装的说明部分与biocViews规范安装

问题：我正在开发的R包和依赖包之一是multtest。这仅适用于Bioconductor的这里。我使用devtools构建软件包。而且，当我运行devtools :: ...

r devtools bioconductor cran package-development

回答 1 投票 2

在Torque集群上使用R Bioconductor SVA软件包的ComBat（）函数的OpenBLAS问题

我在使用R的Bioconductor的SVA软件包中的ComBat（）函数时出现问题。在我的笔记本电脑（运行Linux Ubuntu 18操作系统的Latitude 5590）上，它运行良好。但如果我在TORQUE上运行它......

r bioconductor openblas

回答 1 投票 6

在conda环境中将rtracklayer包从Bioconductor加载到R中时，不会映射分段错误和内存

我创建了一个带有r和bioconductor-rtracklayer的conda环境：conda create --name bioconductor-rtracklayer --channel conda-forge --channel bioconda --channel r --yes r = 3.5.1 ...

r conda bioconductor

回答 2 投票 0

在Python Jupyter笔记本中使用rpy2安装Bioconductor包

我正在尝试使用Python Jupyter笔记本中的rpy2从Bioconductor安装“pcaMethods”。这是我从rpy2.robjects.packages导入importr utils = importr（'utils'）utils ....

python jupyter-notebook bioconductor

回答 1 投票 1

没有方法将这个S4类强制转换为使用mclust的向量

我正在尝试在.FCS格式文件（这是一个流式细胞仪格式文件）上使用mclust方法，我将此文件作为flowFrame对象读入R中。 install.packages（“openCyto”）＃自旧...

r bioconductor coercion

回答 1 投票 0

如何在编译和安装bioconductor包时包含丢失的文件？

我正在尝试从bioconductor安装biocneighbors。不幸的是我收到以下错误：*安装* source * package'BiocNeighbors'... ** libs g ++ -std = gnu ++ 11 -I“/ usr / include / R /”-...

r bioconductor

回答 1 投票 0

创建一个矩阵以显示多个GRanges之间的重叠

我正在尝试找到一种方法，在比较不同的GRange对象时有效地提取显示“0”或“1”的矩阵。在我的例子中：df

r bioinformatics bioconductor

回答 1 投票 2

未能在Linux CentOS 7上安装R oligo和RCurl软件包

我正在尝试在我的笔记本电脑上安装Bioconductor oligo R软件包，我有Linux CentOS 7.它不能通过常见的Bioconductor安装命令安装，因为它说...

r linux rcurl bioconductor

回答 1 投票 0

用GRanges找到染色体的重叠区域

我列出了一系列来自一系列患者的基因组区域。 > head（dotoo）具有6个范围和3个元数据列的GRanges：seqnames range strand | ID ...

r bioinformatics overlap bioconductor genetics

回答 1 投票 2

最新问题

© www.soinside.com 2019 - 2024. All rights reserved.