未能在Linux CentOS 7上安装R oligo和RCurl软件包

Question

我正在尝试在我的笔记本电脑上安装Bioconductor oligo R软件包，我有Linux CentOS 7.它不能通过常见的Bioconductor安装命令安装，因为它说RCurl已安装用于anoter Rversion并需要重新安装。

我试图通过命令安装它：install.packages("RCurl")但不幸的是它没有用。

这是日志：

Error: package or namespace load failed for ‘RCurl’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl/libs/RCurl.so':
  libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed

Execution halted ERROR: loading failed
* removing ‘/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl’

The downloaded source packages are in   ‘/tmp/RtmpAcmmPE/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("RCurl") :   installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

有关如何使其工作的任何想法？

Answer 1

通过安装miniconda并使用其R版本，我能够在R中安装RCurl和oligo软件包。

这是我做的：

1. 我从他们的website下载了miniconda安装程序（我的情况是64-bit (bash installer)）
2. 我使文件可执行，然后执行它。在shell终端上，我跑了： chmod 777 ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3. 我对miniconda提示我的所有问题都回答是。
4. 一旦安装了miniconda，我跑了R：R
5. 然后我重新安装了RCurl：install.packages("RCurl");
6. 然后我安装了oligo： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("oligo", version = "3.8")

这一切对我来说都很好。我希望它可以帮助其他人！