Gviz IdeogramTrack的自定义颜色？

Question

我想自定义Gviz IdeogramTrack对象的外观。我正在通过提供一个data.frame来构建这些轨道，其中包含我要强调的着丝粒和基因组区域的位置（格式与“从UCSC中获取的细胞带信息...一致，请参见?Gviz::IdeogramTrack了解详细信息）。

cyto.bands <- data.frame(chrom = rep("chrI", 6),
                         chromStart = c(0, 200e3, 225e3, 250e3, 300e3, 350e3),
                         chromEnd = c(200e3, 225e3, 250e3, 300e3, 350e3, 400e3),
                         name = c(NA, "CEN", "CEN", NA, "Highlight", NA),
                         gieStain = c("gneg", "acen", "acen", "gneg", "gpos100", "gneg"))

然后我可以创建并绘制IdeogramTrack对象。

library(Gviz)

ideogram.track <- IdeogramTrack(chromosome = "chrI", genome = "My organism", bands = cyto.bands)

plotTracks(ideogram.track, from = 280e3, to = 370e3)

yielding this.

是否可以更改用于填充着丝粒（gieStain = "acen"）和其他染色带（gieStain = "gpos..."）的颜色？

Answer 1

我认为这可以回答您的问题https://support.bioconductor.org/p/63158/

通过调用biovizBase::getBioColor("CYTOBAND")，您将获得可用于为细胞带着色的颜色代码图。