我正在尝试使用Python Jupyter笔记本中的rpy2从Bioconductor安装“pcaMethods”。
这是我试过的
from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('mice') # all of this works
base = importr('base')
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work
# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")
这是我尝试安装pcaMethods
时遇到的错误:
Error in if (answer %in% allowed) break : argument is of length zero
谁知道我做错了什么?
这个介绍来自这个SO question:
“参数长度为零”是一个非常具体的问题,来自我最不喜欢的R元素之一。让我演示一下这个问题:
> FALSE == "turnip"
[1] FALSE
> TRUE == "turnip"
[1] FALSE
> NA == "turnip"
[1] NA
> NULL == "turnip"
logical(0)
正如您所看到的,与NULL的比较不仅不会产生布尔值,它们根本不会产生值 - 并且控制流倾向于期望检查会产生某种输出。当它们产生零长度输出时......“参数的长度为零”。
从这里开始,似乎你的一条线引起了这种行为。我想有一些关于交互式R的库路径与rpy中使用的R的东西,在你的情况下是不匹配的。
还需要注意的是,在第一次执行代码期间,您应该只执行一次安装过程:
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work
稍后你只需要加载包
# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")