GR用作base :: data.frame中的列

Question

我想将Bioconductor的GenomicRanges::GRanges对象作为单列存储在基本R data.frame中。我之所以希望将其包含在基本R data.frame中，是因为我想编写一些ggplot2函数，这些函数只能在后台使用data.frame。但是，我所做的任何尝试似乎都没有取得成果。基本上这就是我想做的：

library(GenomicRanges)

x <- GRanges(c("chr1:100-200", "chr1:200-300"))

df <- data.frame(x = x, y = 1:2)

但是该列会自动展开，而我希望将其作为有效的GRanges对象保留在单个列中：

> df
  x.seqnames x.start x.end x.width x.strand y
1       chr1     100   200     101        * 1
2       chr1     200   300     101        * 2

[当我使用S4Vectors::DataFrame时，它可以按我的要求工作，除了我希望基本的R data.frame可以做同样的事情：

> S4Vectors::DataFrame(x = x, y = 1:2)
DataFrame with 2 rows and 2 columns
             x         y
     <GRanges> <integer>
1 chr1:100-200         1
2 chr1:200-300         2

我也尝试了以下不成功的方法：

> df <- data.frame(y = 1:2)
> df[["x"]] <- x
> df
  y                                                           x
1 1 <S4 class ‘GRanges’ [package “GenomicRanges”] with 7 slots>
2 2                                                        <NA>

警告消息：在format.data.frame（如果（省略）x [seq_len（n0），，drop = FALSE]否则x，：数据框损坏：列将被截断或用NA填充

df[["x"]] <- I(x)

rep（value，length.out = nrows）错误：尝试复制类型为“ S4”的对象]

[使用vctrs::new_rcrd实现GRanges类的S3变体有些成功，但这似乎是获得代表基因组范围的单列的一种非常column回的方法。

Answer 1

一种不实用但实用的解决方案是使用GenomicRanges的访问器函数，然后转换为相关的数据向量，即数字或字符。我添加了magrittr，但也可以不使用它。

library(GenomicRanges)
library(magrittr)

x <- GRanges(c("chr1:100-200", "chr1:200-300"))
df <- data.frame(y = 1:2)
df$chr <- seqnames(x) %>% as.character
df$start <- start(x) %>% as.numeric
df$end <- end(x) %>% as.numeric
df$strand <- strand(x) %>% as.character
df$width <- width(x) %>% as.numeric
df