用Bioconductor安装sleuth，路径不可写的地方出错？

Question

我在将sleuth安装到R studio时遇到了麻烦。我已经尝试过使用Stockoverflow中建议的方法进行故障排除，标题为 "安装路径不可写R，无法更新包"（链接。安装路径不可写R，无法更新包。). 我一直收到以下错误信息。

错误信息。

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, class, foreign, KernSmooth, lattice,
  MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet
Old packages: 'isoband', 'purrr', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'reshape2', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]: 
BiocManager::install("devtools")    # only if devtools not yet installed
Update all/some/none? [a/s/n]: 
BiocManager::install("pachterlab/sleuth")
Update all/some/none? [a/s/n]:

当我输入这个代码时

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
BiocManager::install("devtools")    # only if devtools not yet installed
BiocManager::install("pachterlab/sleuth")

谢谢你的帮助！

Answer 1

这个答案 可能会有帮助。

看起来，违规的软件包(boot, class, foreign等）安装在您没有写入权限的位置。

原则上说 sleuth 软件包应该已经安装完毕，尽管有错误信息（你可以通过执行 library(sleuth) 在R控制台中).但是，为了避免每次安装(BioConductor)包时出现这些错误，我建议您在您有写权限的目录下重新安装这些违规包。然而，为了避免每次安装(BioConductor)包时出现这些错误，我建议将这些违规的包重新安装到您有写入权限的目录中。根据您的操作系统，这可能在不同的位置。

我发现 本指南 对维护R包特别有用。

简而言之（所有命令都在R中运行）。

1. 用以下命令删除错误信息中提到的软件包 remove.packages()，如果 sleuth 安装了，把它也删除掉，我们以后会以更可维护的方式再安装一次。
2. 在R中，检查 Sys.getenv("R_LIBS_USER")这通常应该是你的主目录下的一个目录路径。
3. 很可能是 R_LIBS_USER 目录还不存在，用 dir.create(Sys.getenv("R_LIBS_USER"))
4. 重新启动R (在RStudio中，您可以做 会议 → 重新启动R
5. 检查输出的 .libPaths()现在，第一个元素应该是您刚刚创建的目录（即与 Sys.getenv("R_LIBS_USER")), 现在这是安装R包的默认目录。
6. 安装 sleuth 又以 BiocManager::install("pachterlab/sleuth")这通常也会安装所有的依赖关系。如果没有，你可能需要单独安装它们。

希望这能帮助你