如何从GEO数据库中提取单细胞RNA测序数据？

Question

我是R和计算生物学的新手。我正试图通过一个已发布的数据集来检查我自己的项目的基因表达。我很难找到教我如何在R上分析GEO NCBI数据库中的单细胞RNA测序数据的材料。

这是我试图访问的数据 https:/www.ncbi.nlm.nih.govgeoqueryacc.cgi?acc=GSE138651

我将感谢任何方向或建议的教程。

谢谢！我是R和计算生物学的新手。

Answer 1

你可能想看看 BioConductor GEOquery 包裹.

安装使用

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GEOquery")

更多关于如何使用这个软件包和从GEO读取数据的信息可以在 小品