在R studio 1.2.1335 & macOS Sierra 10.12.6中使用BiocManager::install安装 "org.Hs.eg.db "的问题。

Question

你好，我试图做探索性分析在R部分I（Coursera课程）。我使用的是RStudio 1.2.1335版本的macOS Sierra 10.12.6。

我在安装 "org.HS.eg.db "包时遇到了问题，当我键入。

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

当它试图安装 "org.Hs.eg.db "时，我在控制台中得到：

installing the source package ‘org.Hs.eg.db’
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.9/data/annotation/src/contrib/org.Hs.eg.db_3.8.2.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 74892843 bytes (71.4 MB) ==================================================
downloaded 71.4 MB
* installing
*source
* package ‘org.Hs.eg.db’ ...
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location ** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (org.Hs.eg.db) The downloaded source packages are in ‘/private/var/folders/l6/kbsz4n314tdfcxphnmnj7nr80000gn/T/Rtmpb14l6K/downloaded_packages’

当我后来尝试运行时，

chr = AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=aeid,keytype="ENSEMBL",columns="CHR")

我在控制台中得到：

Error in AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys = aeid, keytype = "ENSEMBL", : object 'org.Hs.eg.db' not found

Answer 1

您是否致电 library(org.Hs.eg.db) 首先？

安装包是不够的。当你想使用一个包中的函数对象时，你需要在你的R会话中加载它，使用 library():

library(org.Hs.eg.db)
chr <- AnnotationDbi::select(
  org.Hs.eg.db,
  keys = aeid,
  keytype = "ENSEMBL",
  columns = "CHR"
)

这应该可以，如果你有 AnnotationDbi 包，并安装了一个名为 aeid 在您的R会话中定义。

您可能想查看一些关于使用R和R包的教程，如 这个.

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与你的问题无关的补充说明。

• 注意： RStudio 和 R 是 两件非常不同的事情. RStudio是一个IDE，是用来与R代码交互的软件。R是编程语言本身。所以，提到RStudio更有意义。R版 而不是 RStudio 版本。
• 在这种情况下，也可以提及您使用的 BioConductor (你可以用以下方法检查) BiocManager::version().
• 最好的做法是使用 <- 在R中进行赋值（例如你正在做的创建 chr 在你的例子中）。) = 一般用于指定函数参数