我正在尝试对我保存的数据运行 fgsea 分析:
res <- read.delim ("Rank_fgsea_data.rnk", header=T, colClasses = c("numeric", "character"))
res$Gene.ID <- gsub("\\..*", "", res$Gene.ID)
res <- as.data.frame(res)
res <- unlist(res)
res <- setnames(res$log2FoldChange, res$Gene.ID)
str(res)
##loading pathways
pathways <- gmtPathways("GOCC_RIBOSOME.v2022.1.Hs.gmt")
str(head(pathways))
##running fgsea
fgseaRes <- fgsea(GOCC_RIBOSOME_v2022_1_Hs, res, minSize=15, maxSize=500) #need to load GOCC_RIBOSOME pathway
head(fgseaRes)`
在 R 中写完之后,我收到以下错误:
Error in preparePathwaysAndStats(pathways, stats, minSize, maxSize, gseaParam, :
Not all stats values are finite numbers
我对 R 比较陌生,有人知道这个错误是什么意思和/或如何解决吗?
我试图将我的数据作为列表读取,但这并没有解决问题。