Windows 上的 Anaconda Powershell 问题以及通过 .yaml 文件建立环境:“ResolvePackageNotFound:”

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我对任何使用命令行的东西都很陌生,目前正在尝试从 git hub 存储库建立一个 snakemake 工作流程。 git-hub 存储库中给出的要求是 miniconda 和 snakemake,我都安装在 Windows 11 上(显式 conda 环境中的 snakemake)。 现在我必须创建多个由 .yaml 文件定义的环境,例如:

频道:

  • 康达锻造
  • 生物康达
  • 默认
  • 默认 依赖项:
  • 小地图2=2.15
  • samtools=1.9

所需的通道在 snakemake 环境中处于活动状态,如下所示:

conda 配置--显示频道 频道:

  • 默认
  • 康达锻造
  • 生物康达
  • 默认

虽然最初的计划是坚持建议的版本,以防止在下游过程中遗漏版本解决了一些问题,但是我反复收到以下错误:

“收集包元数据(repodata.json):完成 解决环境:失败

ResolvePackageNotFound:

  • samtools
  • 小地图2"

或等价物 - 有时只有少数包裹未解决,有时是全部。受影响的包都是生物导体在路径内的地方: f.i.

  • 生物导体-rhdf5
  • 生物导体-qdnaseq
  • bioconductor-rsamtools 等等 以及 samtools 和 minimap2.

我尝试将一些软件包安装到一个单一的环境中,但它也不起作用,这让我觉得我可能需要一些额外的程序/软件包/频道才能安装它们…… 我在一开始就尝试了这个,所以 Anaconda Powershell 中几乎没有其他程序,Conda 中的所有内容都与描述和发布的工作流程相关联。 在单个环境中安装每个包都无济于事,因为据我所知,snakemake 工作流程不起作用。总是提到单一环境。

有什么建议吗?如果可能的建议是用一种可以理解的语言,我将不胜感激,因为除了上述问题之外,我真的没有任何想法。

我在聊天中发现的一个建议是通过 pip 安装所有东西,但是它的编写方式我不确定那是不是在开玩笑......?

conda snakemake bioconductor
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