在csv文件中编写和加载表达式集

Question

在R中，可以使用ExpressionSet将bioconductor csv.write写入csv文件。例如，使用标准bladderbatch data available as a bioconductor package，以下代码将csv文件写入当前工作的drectory：

library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")

是否有一个工具可以将生成的csv文件作为ExpressionSet读回R？

如果没有，是否有一个qazxsw poi序列化器/反序列化器，它可以输出ExpressionSets作为csv文件并读取csv文件作为ExpressionSets？

我问的原因是因为我需要使用python和java代码与ExpressionsSets交互，我可以轻松使用“csv”文件，但不能使用“.rda”，“。CEL”或其他二进制文件。

Answer 1

如果您只想使用R和python与数据交互，请考虑将ExpressionSet保存为羽毛对象。

ExpressionSet ↔ csv

Answer 2

来自@Nathan Werth的评论是我认为您正在寻找的。通过调用https://github.com/wesm/feather，您可以轻松地将CSV文件作为readExpressionSet读取。

首先，将CSV文件写为初始代码：

ExpressionSet

然后阅读：

library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")