bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

我正在尝试从 https://github.com/YuSugihara/MutMap.git 合并后运行 MutMap。起初，我收到错误“bwa not found”，所以我从“http...

python github installation bioinformatics biopython

回答 1 投票 0

我正在尝试做DEG，然后对结果使用enrichGO。我最初在 DESEQ2 中使用代码 dds=DESeqDataSet(se,design=~TRAIT) dds=DESeq(dds) res=结果(dds) 我目前有 DESEq2 的结果...

r bioinformatics ontology bioconductor

回答 1 投票 0

如何从GSE数据集创建Seurat对象？

我知道我们可以从 Cell Ranger 输出文件（条形码、特征、矩阵）创建 Seurat 对象。但我有一个 csv 格式的 GSE 单细胞数据集。我如何从中创建 Seurat 对象？ T...

r bioinformatics seurat

回答 1 投票 0

将输出转换为向量

此代码打印两个名为 RandomArraySeq 1 和 RandomArraySeq 2 的数组，其中包含 5 个长度的随机序列，对吗？生成 NT 数组 <- function(num_arrays = 5, array_length = 5, ...

r function bioinformatics

回答 1 投票 0

HPC 中的 Conda 环境创建

我刚刚获得了 HPC 用户并想要创建我的环境。但是，当我尝试创建它们时，我收到以下消息： (base) [xxxxx@front ~]$ conda create -n rnaseq -c bioconda -f rnaseq ....

bash conda bioinformatics hpc

回答 1 投票 0

如何根据字典值重命名样本

我在编写snakemake规则来更改样本名称时遇到了一些麻烦。使用 Porechop 进行多路分解并使用 Filtlong 进行一些基本修剪后，我想更改样本的名称

dictionary workflow bioinformatics snakemake

回答 1 投票 0

如何从 R 或 Linux 中删除一行中的最后一个字符（仅当它是数字时）

我有一份基因转录本列表，例如： 4R79.1b 4R79.2b AC3.1a AC3.2 AC3.3 AC3.5a 我需要通过删除最后一个字符（仅当它是字母时）来获取基因名称。我已经用谷歌搜索了好几天了……

awk sed bioinformatics

回答 1 投票 0

snakemake 运行的唯一 ID

运行 Nextflow 管道时，唯一的 ID 与整个运行相关联。例如，它可以通过检查 nextflow 日志来获得。我正在为 Snakemake pipeline 寻找相同的功能...

bioinformatics snakemake

回答 1 投票 0

我真的很难运行这个 Nextflow Pipeline

我想要一个管道，可以从名为“input”的文件夹中获取这样的输入。文件格式如下“Gene_KOs1.tsv Gene_KOs2.tsv Mutations1.tsv Mutations2.tsv”....

python bioinformatics nextflow

回答 1 投票 0

基于多个条件过滤 R 数据框中的行

我有一个 R 数据框，包含三列：Gene.ID、来源和值。我需要根据多个条件过滤行，但我无法获得所需的结果。这是一个示例...

r bioinformatics

回答 1 投票 0

如何用 3 个图制作 Kaplan-Meier 生存曲线

在此处输入图像描述我对 R studio 非常陌生，目前正在学习如何制作 Kaplan-Meier 生存曲线。我正在使用 TCGA-LIHC 队列来可视化 3 种亚型的生存曲线（s...

r bioinformatics survival-analysis survival

回答 1 投票 0

如何将分类变量添加到百分比堆积条形图中？

第一次在这里发帖，所以如果我遗漏了任何通常包含的细节，请告诉我。我正在使用 ggplot2 和 ggdendro 制作带有分层聚类树的堆叠条形百分比图

r ggplot2 bioinformatics categorical-data ggdendro

回答 1 投票 0

Snakemake temp()

我已将 Snakemake 连接到 S3 帐户，并且我想在处理管道后删除某些 temp() 文件。我有一条规则将某些文件指定为 temp()。下面是一个例子...

python python-3.x shell bioinformatics snakemake

回答 1 投票 0

血红蛋白基因的正则表达

我对 R、seurat 和 scRNA seq 分析还很陌生。使用 R 中的 seurat 包分析单细胞 RNA 测序数据，我遇到了分析每个

r regex bioinformatics seurat

回答 1 投票 0

使用 matplotlib Polar=True 更改用作径向/角度位置的轴（使用 Bio.Phylo 创建圆形系统发育树）

如果我使用 Biopython Phylo 模块创建系统发育树，它是从左到右定向的，例如：将 matplotlib.pyplot 导入为 plt 从 Bio 导入 Phylo 从 io 导入 StringIO 句柄=字符串...

python matplotlib bioinformatics biopython phylogeny

回答 1 投票 0

从包含计数的数据创建热图

我有一个看起来像这样的数据框（如下图所示），本质上我想要一个显示 REF -> ALT 计数的热图。热图应将 x 轴作为 REF，y 轴作为 ALT，

python seaborn bioinformatics

回答 1 投票 0

WinError 2 系统找不到指定的文件（Python）

我有一个 Fortran 程序，想在 python 中执行多个文件。我有 2000 个输入文件，但在我的 Fortran 代码中我一次只能运行一个文件。我应该如何调用 Fortran

python python-2.7 python-3.x bioinformatics f2py

回答 5 投票 0

从子序列中查找超序列的多数合并算法的实现？

我有一小组唯一值的序列，我想将它们组合成一个超级序列，其中尽可能保持每个值的相对顺序。例如（q...

javascript algorithm compression bioinformatics

回答 2 投票 0

validationMethod(as(object, superClass)) 中的错误：找不到对象“Matrix_validate”

我只是尝试使用：单链RNA<- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) and scRNA.counts <- Read10X(data.dir = "filtered_feature_bc_matrix") and both of them gives error like : Erro...

r bioinformatics r-package seurat

回答 2 投票 0

为什么在单个 shell 脚本中运行多个针对 ENA 的 wget 命令时 wget 会失败？

我想从欧洲核苷酸档案库下载与特定生物项目 (PRJEB21446) 相关的 FASTQ 文件。有一个按钮可以生成和下载包含 wget 的 shell 脚本

bash bioinformatics wget fastq

回答 1 投票 0

bioinformatics 相关问题

最新问题