我真的很难运行这个 Nextflow Pipeline

Question

我想要一个管道，可以从名为“input”的文件夹中获取这样的输入。文件格式如下“Gene_KOs1.tsv Gene_KOs2.tsv Mutations1.tsv Mutations2.tsv”。我的 python 脚本将运行每个“对”并产生输出。我希望将该输出放入名为 Gene_Mutation1 的文件夹中，因为每个输出文件都被称为相同的东西。我以为这很简单，但显然事实并非如此。这是我当前的代码，不幸的是，它没有正确保存输出 csv。

我试过这个：

#!/usr/bin/env nextflow nextflow.enable.dsl=2

params.inputDir =“/mnt/scratch-raid/data/l/nextflow_test/input” params.outputDir =“/mnt/scratch-raid/data/l/nextflow_test/output”

工作流程{ inputDir = 文件(params.inputDir)

// List all gene files
genesFiles = inputDir.listFiles().findAll { it.name.startsWith('Gene_KOs') }

// List all mutation files
mutationFiles = inputDir.listFiles().findAll { it.name.startsWith('Mutations') }

// Process each gene file
genesFiles.each { genesFile ->
    // Extract the number from the gene file name
    def geneNumber = genesFile.name.replaceAll("[^0-9]", "")

    // Find the matching mutation file
    def mutationFile = mutationFiles.find { it.name.contains("Mutations${geneNumber}") }

    if (mutationFile) {
        println "Starting analysis for ${genesFile.name}"

        genesBaseName = genesFile.name.replaceAll("\\.tsv\$", "")
        mutationsBaseName = mutationFile.name.replaceAll("\\.tsv\$", "")
        pairOutputDir = "${params.outputDir}/${genesBaseName}_${mutationsBaseName}"

        // Create the output directory
        file(pairOutputDir).mkdirs()

        // Run your Python script here
        """
        python3 /mnt/scratch-raid/data/l/nextflow_test/Main.py ${genesFile} ${mutationFile} ${pairOutputDir}
        """
        
        println "Finished processing: ${genesFile.name} and ${mutationFile.name}"
    } else {
        println "No matching mutations file found for: ${genesFile.name}"
    }
} }

我希望在各自的目录中看到 csv，但目录是空的，没有运行过 python 脚本的证据

Answer 1

根据定义，这不是 Nextflow 管道。如果您告诉我您使用 ChatGPT，我不会感到惊讶😅。在 Nextflow 管道中，您必须至少有一个进程和工作流块。你也没有。我建议您参加我们的社区基础 nextflow 培训

我还没有测试下面的代码，但它会让你更接近你想要的。将

Main.py

脚本文件放入在管道文件夹中创建的

bin

文件夹中。这样，无论您的计算环境如何，Nextflow 都会对其进行暂存。例如，如果您使用容器，则需要保证您的

Main.py

脚本位于容器内。通过将其放入 bin 文件夹中，Nextflow 将处理该问题。

params.inputDir = '/mnt/scratch-raid/data/l/nextflow_test/input/'
params.outputDir = '/mnt/scratch-raid/data/l/nextflow_test/output/Gene_Mutation1'

process YOUR_PROCESS_NAME {
  publishDir "$params.outputDir", mode: "copy"

  input:
  tuple val(sample_id), path(files)

  output:
  path "output_folder/"

  script:
  """
  Main.py ${files[0]} ${files[1]} output_folder/
  """
}

workflow {
  Channel
    .fromFilePairs("${params.inputDir}/*{1,2}.tsv",
                   checkIfExists: true)
    | YOUR_PROCESS_NAME

}