bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

将捐助者级别的元数据添加到集成的 Seurat 对象

我正在尝试将患者级别的元数据添加到现有的 Seurat 对象中。这包括每个参与者的生化信息，例如血糖、HsCRP、BMI 等。如何将这些数据添加到我的

r bioinformatics bioconductor seurat

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在有向无环图中找到最长路径

在边加权 DAG 中找到两个节点之间的最长路径。输入：一个边加权图，一个源节点source，一个sink节点sink。输出：从源到汇的最长路径的长度，

python algorithm dynamic-programming bioinformatics directed-acyclic-graphs

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如何创建热图来显示SSR在整个基因组上的密度和分布？

#设置bin大小 bin_size = 11000 # 创建热图 heatmap_data = np.zeros((len(ssr2_locations), seq_length // bin_size)) ssr_labels = 列表（ssr2_locations.keys（））对于我，枚举中的 ssr(

python matplotlib visualization bioinformatics genome

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如果第一两列的条件为真，则计算第三列的总和和平均值[关闭]

[我是 awk 和 linux 的新手，非常感谢您的帮助。如果第4列有CACTA，第8列有CDS，则应统计CDS中的CACTA个数，求和覆盖的碱基数...

linux bash awk bioinformatics

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Pamr 包问题

我在尝试 pamr 教程时遇到问题：https://compdiag.molgen.mpg.de/docs/readme.html pamr.train(可汗.数据) 1 中的错误：ncol(data$x)：长度为 0 的参数谁能帮我解决这个问题...

r bioinformatics pam

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如何在 ggplot 和图例中以数字方式排序覆盖图

我根据以下数据创建了这个图 > 头（data.frame（ali）） qname qlen qstart qend strand tname tlen tstart tend nmatch alen mapq 1 1 2535400 16999 2505...

r ggplot2 plot bioinformatics genome

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差异蛋白表达分析——无显着差异

我想使用limma对一组蛋白质进行差异表达分析。这两组是“C”和“D”，它们是 colnames(mat) 的子字符串。我的输出显示

r bioinformatics

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比较两种不同性状的 GWAS 输出？

假设我有精神分裂症和抑郁症的 GWAS 汇总统计数据，我想获得两者之间关联的一些基本指标。最好的方法是什么？老实说我不知道

bioinformatics gwas

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从附近删除字符串，但不一定在开头或结尾

我有一个包含约 10,000 个字符串的文件需要编辑。字符串很长（成百上千个字符），我想删除结尾附近的重复 A 或开头附近的 T...

awk bioinformatics dna-sequence

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在 sam 文件中编辑正则表达式的特例

我有一个 sam 文件，我需要编辑文件开头以 @SQ 开头的每一行以及第二部分中的每一行以及对齐信息。对于那些不熟悉的人...

sed bioinformatics cut

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从代表性序列中提取特定的蛋白质序列，并从 MAG 中确定它们的基因拷贝数 [关闭]

我对大多数生物信息学工具还是陌生的。我使用 get_homologues 管道运行泛基因组分析。我提取并注释了 shell 和 cloud 基因（文件 1）。我想搜索这个

shell heatmap bioinformatics

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ModuleNotFoundError：没有名为“modeller.automodel”的模块

我在运行有关蛋白质建模的脚本 python 时遇到此错误。我需要一些帮助请在这里截图关于 erreur

python-3.x bioinformatics modulenotfounderror 3d-modelling protein-database

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使用 ggplo2 和 gggenes 在 x 轴上添加标签

有 21 个样本（在分子列中）和 157 个独特元素在基因列中的数据（80% 共同），所以我为每个样本创建了一个包含检测到的元素（基因列）的数据框，但我只是。 ..

r ggplot2 bioinformatics

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使用ete3和曼哈顿距离矩阵浓缩为字典的邻居加入算法

我的算法如下：而 len(t.get_leaves()) > 2: min_dist = float('inf') 对于 t 中的节点 1：对于 t 中的节点 2：如果节点 1 ！= 节点 2：距离=总和（

bioinformatics phylogeny

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将 GenBank 文件信息解析为 R 的问题

用于将 GenBank 文件解析为 R 的 Bioconductor 包函数似乎永远不适用于细菌基因组（我猜没有人关心我们微生物学家），所以我编写了以下代码来阅读......

r list bioinformatics dataformat

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Awk 打印匹配字符串前后的记录

我有很多包含基因注释和序列的 FASTA 文件。我感兴趣的基因之一是 CadC。我还想看的是 CadC 周围的基因，它们可能会被列出...

linux awk printing bioinformatics

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How to change UNK to certain res type in a pdb [关闭]

我从 diffdock 得到一个肽配体 sdf。我将这个 sdf 文件转换为 pdb 文件，发现当配体是肽时，res 类型都是 UNK。我想知道这个结果可能是 diffdock i.. .

python bioinformatics biopython

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在 UNIX 中重命名 fasta/fastq 文件中的条目

我有 x 个读段的 fasta 文件，我想重命名每个读段的 ID。我的文件如下： >e855552f-9484-4674-8fc4-d9b1f1add023 runid=4140cbe7f7cd36a17a00b732f27dd37bd09e4380 sampleid=mari...

sed sequence bioinformatics fasta

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Biopython 包

我安装了Bio并更新了它，但是我又出现了这个错误。 >>> 从 Bio.SubsMat 导入 MatrixInfo ModuleNotFoundError：没有名为“Bio.SubsMat”的模块我删除并重新安装了几次...

python numpy bioinformatics biopython python-packaging

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我正在尝试使用 for 循环将 fasta 文档转换为 python 中的字典，但只捕获了我的最后一次迭代

我正在尝试编写代码来创建一个字典，该字典读取 fasta 文档的 dna 序列，其中 dna 序列的名称在包含...的行的开头用“>”表示...

python for-loop bioinformatics fasta

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