Biopython 包

Question

我安装了Bio并更新了它，但是我又报错了

>>> from Bio.SubsMat import MatrixInfo

ModuleNotFoundError: No module named 'Bio.SubsMat'

删了重装了几次，问题都没有解决

Answer 1

Bio.SubsMat

已经被弃用了一段时间。这本质上意味着

MatrixInfo

方法也被弃用了。阅读 Biopython 1.75（自 2019 年 11 月起） 的注释，它指出：

Bio.Align 中添加了一个新模块 substitution_matrices，其中包含一个 Array 类，可用作替换矩阵。作为 Array 类是 numpy 数组的子类，数学上 操作可以直接应用于它，而使用的 C 代码 替换矩阵可以直接访问存储的数值 在替换矩阵中。该模块旨在作为替代品 Bio.SubsMat，目前未维护。

目前安装Biopython时似乎没有安装

SubsMat

子模块。因此，你得到了你的错误！要解决此问题，请尝试使用

Bio.Align

中的 substitution_matrices 模块。如果

MatrixInfo

方法别无选择，您始终可以安装包含它的 biopython 的

older version

。你首先必须删除你的 biopython 版本：

pip uninstall biopython

然后安装旧版本的biopython

pip install biopython==1.76

Biopython 1.76 已知仍包含

Bio.SubsMat.MatrixInfo

模块。您可以通过查看 1.76 的文档来验证。