bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

如何绘制R中每个染色体读数的密度直方图

我在这里有这个数据文件https://www.dropbox.com/s/hei2fa25r9ezvkx/myfile.csv?dl=0我想绘制chr1到chr16起始位置的密度图。所以我想把X轴分成chr1，chr2，......

r plot bioinformatics

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使用bash在每列中组合具有相同名称的行

我有一个如下文件（但有52列和4,000行）：1NA2 1NB2 2RA2 2RB2 Vibrionaceae 0.22 0.25 0.36 1.02 Bacillaceae 2.0 1.76 0.55 0.23 ...

bash bioinformatics

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安装Bioconductor软件包自动化

我试图在R脚本的Ubuntu 16.04上自动安装Bioconductor及其不同的软件包。但是，每个安装都需要交互来说 - 是，是的我想安装它和-...

r bioinformatics bioconductor

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将一个数据框中的两列与另一个数据框中的两列匹配，与顺序无关

以两个数据帧为例：df1 = data.frame（V1 = c（'JOHN'，'BRIAN'，'KATE'，'ERIC'，'CURT'，'ZACH'），V2 = c（'ABIGAIL'， 'ANDY'，'GEORGE'，'JOHN'，'MARY'，'FRANKLIN'），V3 = seq（1,6,1），V4 = seq（1，...

r bioinformatics

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在Python中聚类相似字符串的算法？

我正在编写一个目前包含多个DNA序列列表的脚本（每个列表都有不同数量的DNA序列），我需要根据Hamming对每个列表中的序列进行聚类...

python string algorithm cluster-analysis bioinformatics

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Python将RNA seq转换成单字母氨基酸序列

在编写将给定的RNA核苷酸序列转换成氨基酸序列的代码时，我需要一些帮助。我目前已经使用了2个字典：氨基酸密码子之一和......

python dictionary bioinformatics biopython dna-sequence

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在python循环中打印来自交替文件的行

我试图使用python在两个单独的文件中找到感兴趣的四行块，然后按受控顺序打印出一些这些行。下面是两个输入文件和一个例子......

python bioinformatics biopython fasta fastq

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如何在Python中打印文件中的某些行

我想帮助弄清楚如何在.txt文件中只打印出给定数量的行。我创建了一个带有2个输入参数的函数文件（x，y），第一个'x'是文件，...

python python-3.x bioinformatics biopython fasta

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Python在上下文后打印行

如何在我对使用python感兴趣的上下文后打印两行。 Example.fastq @ read1 AAAGGCTGTACTTCGTTCCAGTTG +'（''％$'））％**）2 +'。（&&'/ 5- @ read2 CTGAGTTGAGTTAGTGTTGACTC +）（+ - 0 -...

python grep bioinformatics fasta fastq

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如何使用tanimoto距离形成网络

我有这样的列数据-1列Column-2 Similarity_dist化学-1化学-2 0.6化学-1化学-3 0.1化学-1化学-4 0.7化学-1化学-5 0.3化学-2化学-...

r bioinformatics bayesian-networks

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perl从2个数组中提取常见元素（fastq文件中的常见序列）

我有2个文件（paired_end），其中包含来自同一生物体的Fastq格式的读取（File_R1.fastq和File_R2.fastq）。我想用bwa和samtools（生物信息学）确定深度覆盖率，因为......

arrays perl bioinformatics sequences fastq

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如何使用lapply来计算r中列表中的唯一值

关于如何从数据帧中计算唯一值，我之前已经问了一个类似的问题，但是我需要使用“lapply”，因为我之前使用的方法不起作用或者我无法得到它...

r count bioinformatics lapply biomart

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如何使用python或R将三个字母的氨基酸代码转换为一个字母代码？

我有一个fasta文件，如下所示。我想将三个字母的代码转换为一个字母代码。我怎么能用python或R做到这一点？ > 2ppo ARGHISLEULEULYS> 3oot METHISARGARGMET所需...

python r bioinformatics biopython

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WGCNA中的灰色模块是否有任何大小限制？

WGCNA分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的，也可以用数字编号。通常灰色模块在数字中也标记为0对应于...的集合。

r bioinformatics bioconductor

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在python中使用滑动窗口概念的GC倾斜方法

我已经完成了python的初学者课程，我正在研究一个问题，以提高我的编码技能。在这个问题中，我必须通过将整个序列分成......来计算GC偏斜。

python python-3.x jupyter-notebook bioinformatics

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使用python正则表达式在字符串中搜索长度为6或更长的特定重复（mnr）

我有一个制表符分隔的csv文件包含3个以逗号分隔的字段：数字，序列和状态。每行代表不同的序列。输入文件的一个例子，名为sequences.txt：...

python regex bioinformatics

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py GR等价于R GRanges中的reduce（） - 如何折叠远程数据？

在R中（虽然是longwinded）：这是一个测试data.frame df

python r bioinformatics

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