如何在我对使用python感兴趣的上下文后打印两行。
Example.fastq
@read1
AAAGGCTGTACTTCGTTCCAGTTG
+
'(''%$'))%**)2+'.(&&'/5-
@read2
CTGAGTTGAGTTAGTGTTGACTC
+
)(+-0-2145=588..,(1-,12
我可以使用...找到感兴趣的上下文
fastq = open(Example.fastq, "r")
IDs = [read1]
with fastq as fq:
for line in fq:
if any(string in line for string in IDs):
现在我找到了read1,我想打印出read1的以下行。在bash中我可能会使用像grep -A这样的东西。所需的输出行如下所示。
+
'(''%$'))%**)2+'.(&&'/5-
但在python中我似乎无法找到一个等效的工具。也许“islice”可能有效,但我不知道如何从比赛的位置开始islice。
with fastq as fq:
for line in fq:
if any(string in line for string in IDs):
print(list(islice(fq,3,4)))
您可以使用next()
来推进迭代器(包括文件):
print(next(fq))
print(next(fq))
这会消耗这些线,因此for
循环将继续使用@read2
。
如果你不想要AAA...
线,你也可以用next(fq)
消费它。在全:
fastq = open(Example.fastq, "r")
IDs = [read1]
with fastq as fq:
for line in fq:
if any(string in line for string in IDs):
next(fq) # skip AAA line
print(next(fq).strip()) # strip off the extra newlines
print(next(fq).strip())
这使
+
'(''%$'))%**)2+'.(&&'/5-
如果您正在处理FASTQ文件,最好使用像BioPython这样的生物信息库而不是滚动自己的解析器。
要获得您要求的确切结果,您可以:
from Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator
IDs = ['read1']
with open('Example.fastq') as in_handle:
for title, seq, qual in FastqGeneralIterator(in_handle):
# The ID is the first word in the title line (after the @ sign):
if title.split(None, 1)[0] in IDs:
# Line 3 is always a '+', optionally followed by the same sequence identifier again.
print('+')
print(qual)
但是你自己对质量价值观的影响不大。您的下一步几乎肯定是将其转换为Phred quality scores。但这是出了名的复杂because there are at least three different and incompatible variants of the FASTQ file format。 BioPython为您处理所有边缘情况,以便您可以:
from Bio.SeqIO import parse
IDs = ['read1']
with open('Example.fastq') as in_handle:
for record in parse(in_handle, 'fastq'):
if record.id in IDs:
print(record.letter_annotations["phred_quality"])