bioinformatics 相关问题

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Python newby在这里。我想使用BioPython软件包Entrez和SeqIO下载基因组的基因组序列（NC_007779.1）。到目前为止，我有这个代码：来自Bio import SeqIO的Bio import Entrez ...

python bioinformatics biopython genome

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如何汇总统计2WA Post HOC？

结构（列表（AGI = c（“ATCG01240”，“ATCG01310”，“ATMG00070”），aox2_0h_1 = c（15.79105291,14.82652303,14.70630068），aox2_0h__2 = c（16.06494674,14.50610036,14.52189807），aox2_0h__3 = c（14.64596287 ,. ..

r statistics bioinformatics bioconductor

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匹配来自两个不同数据集（dbSNP ID）和合并数据集的col值

我有两个数据集A和B.我希望将数据集A中的dbSNP ID与B匹配。如果匹配，那么SNPid想要获取该行的其他col值并与数据集中存在的cols合并...

r shell bioinformatics

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从ensembl_gene_id获取hgnc_symbol / gene_name

我有这个代码（来自这里）：library（'biomaRt'）mart

r bioinformatics bioconductor biomart

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在Monocle中设置单元格数据集

如果有人在R中使用单片机包有任何经验：我试图根据样本名称的向量对我的数据进行子集化，但我无法完成它。我试过了：x @ phenoData $ sampleNames

r bioinformatics

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如何从平面文件（Gene Ontology OBO文件）生成递归的树状字典？

我正在尝试编写代码来解析Gene Ontology（GO）OBO文件并将go term term（例如GO：0003824）推送到树状嵌套字典中。指示OBO文件中的分层结构...

python python-3.x recursion bioinformatics

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从kinship2血统图中删除标签

我正在使用亲属关系2绘制野生种群的谱系，并尝试删除个体的标签。我在par（）和plot（）中尝试过各种各样的参数，但是他们要么没有摆脱......

r bioinformatics

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用于识别样本中最小染色体区域的Python

我有多个示例文件（> 20），如下所示：chr startpos endpos 1 14930 818094 1 818161 31595422 2 35593931 35865807 2 35868158 104785784我想输出...

python bioinformatics

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如何将计数从一组范围转移（总结）到那些范围内的范围？

我正在使用测序数据，但我认为该问题适用于不同的范围值数据类型。我想结合几个具有...的集合DNA区域的读数（值）实验。

pandas dataframe bioinformatics

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使用flowViz的flowSet的多个门

我想在flowSet上使用多个椭球门并绘制结果。我设法用每帧一个门绘制flowSet，但我无法正确构造filtersList对象。我明白了......

r bioinformatics bioconductor

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Bio.Motifs抛出KeyError'd'

我正在使用Biopython处理一些NGS数据。但是当我在Biopython中使用motif模块时，我遇到了一个奇怪的问题。这是代码。 frame = pd.DataFrame（{'Spacer'：seqs1.values（）}，index = seqs.keys（））...

python bioinformatics biopython

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得到'TypeError：字符串索引必须是整数'比较蛋白质序列

如何以字母表返回列表？我有序列翻译器和一个读取dna和蛋白质序列的python代码。该代码读取dna序列并将其转换为蛋白质序列，......

python list bioinformatics

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在biopython中仅显示dna对齐得分

我有DNA序列数据。例如，X =“ACGGGT”Y =“ACGGT”我想知道对齐分数，因此我使用了biopython pairwise2函数。例如，来自Bio.pairwise2的Bio import pairwise2 ......

python bioinformatics biopython dna-sequence pairwise

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如何将补充SNP呼叫替换为原始参考/备用SNP呼叫？

我对两种基因型进行了测序，并提取了相应的SNP芯片SNP，以将我们的基因型与完全相同基因型的公开数据进行比较。我注意到一些SNP必须是......

r bioinformatics

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转换为BCF之前修改vcf文件

我将新的vcf文件添加到以前制作的bcf文件中，其中VCF中的ID字段已设置为CHR：POS：POS：REF：ALT？如何将VCF中的ID字段设置为CHR：POS：POS：REF：ALT？

bioinformatics bcftools

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如何在另一个更大的数组（6亿个元素）中找到大（1百万个元素）数组的元素

我有一个非常大的文件（包含dbSNP ID），包含100万行，每行包含一个字符串，另一个较大的文件（.vcf）包含6亿行，每行包含7-8列。一世 ...

python numpy multiprocessing bioinformatics

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RNA剪接Python

我有一个基因序列 - “......

bioinformatics dna-sequence

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使用条件匹配一行中的多个模式

我有一个这样的fasta文件：myfasta.fasta> 1_CDS AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG AAATTATTA> 2_CDS TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA> 3_CDS TTTGGGAATTAAACCCT> 4_CDS TTTGGGAATTAAACCCT> 5_rRNA ...

python bioinformatics fasta

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Pheatmap：annotation_colors [[colnames（annotation）[i]]]中的错误：下标超出范围

库（pheatmap）另一个

r bioinformatics pheatmap

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如何在iPython笔记本中调用用argparse编写的模块

我试图将BioPython序列传递给Ilya Stepanov在iPython笔记本环境中实现Ukkonen的后缀树算法。我在argparse组件上遇到了绊脚石。我有 ...

python ipython bioinformatics biopython suffix-tree

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