如何使用tanimoto距离形成网络

Question

我有这样的数据

column-1   Column-2      Similarity_dist
chemical-1 chemical-2    0.6
chemical-1 chemical-3    0.1
chemical-1 chemical-4    0.7
chemical-1 chemical-5    0.3
chemical-2 chemical-1    0.05
chemical-2 chemical-3    0.65
chemical-2 chemical-4    0.75
chemical-2 chemical-5    0.4

。 。这样的16000行。现在我用相似截止值0.5来过滤它们，我的数据看起来像

column-1   Column-2      Similarity_dist
chemical-1 chemical-2    0.6
chemical-1 chemical-4    0.7
chemical-2 chemical-3    0.65
chemical-2 chemical-4    0.75

. .

我想找到这些化学品之间的互动网络。有没有人知道R中的方法，我可以使用化学品作为节点和距离作为边缘，然后形成网络？还有其他建议吗？任何代码？

Answer 1

igraph软件包具有使这一过程变得简单的工具。我认为你的意思是这些化学品之间的无向联系。如果没有，只需删除下面的directed=FALSE部分。

## Data
Chems = read.table(text="Column-1   Column-2   Similarity_dist
chemical-1 chemical-2    0.6
chemical-1 chemical-4    0.7
chemical-2 chemical-3    0.65
chemical-2 chemical-4    0.75", 
header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)

现在我们有了您的数据，我们可以将其直接转换为网络。

library(igraph)
ChemGraph = graph_from_data_frame(Chems, directed=FALSE)
plot(ChemGraph)

权重存储为边的属性（类型为E(ChemGraph)$Similarity_dist），可用作标签或更改链接的外观。

加成

如果有许多节点并且您只想查看子集的连接性，则可以这样：

## List the nodes you want
Wanted = c("chemical-1", "chemical-2", "chemical-4")

## Create the graph containing only wanted nodes
WantedGraph = induced_subgraph(ChemGraph, Wanted)
plot(WantedGraph)