如何用 3 个图制作 Kaplan-Meier 生存曲线

Question

我对 R studio 非常陌生，目前正在学习如何制作 Kaplan-Meier 生存曲线。 我使用 TCGA-LIHC 队列来可视化按 2 个基因（PTPRC、FOXP3）分类的 3 个亚型（层）的生存曲线。 现在，我可以单独制作生存曲线，但我不知道如何在 R studio 上编写 3 个图，例如为 PTPRC 高 FOXP3 低制作组 subtype1 等等。 我为我的问题添加了示例图像。我希望其他人可以帮助我。

我正在考虑按中值对它们进行分组（高表示高于中值，低表示低于中值），并且 subtype3 将是 PTPRC 低。 分组完成后，也许我可以处理其中的临床数据。

Answer 1

图书馆（生存） 库（ggplot2）

加载数据

数据（tcga_lihc）

创建 Kaplan-Meier 生存对象

亚型1 <- survfit(Surv(time, status) ~ PTPRC, data=tcga_lihc) subtype2 <- survfit(Surv(time, status) ~ FOXP3, data=tcga_lihc) subtype3 <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=tcga_lihc)

绘制生存曲线

ggplot() + geom_step(data=subtype1, aes(x=时间, y=surv, color="PTPRC 高")) + geom_step(data=subtype2, aes(x=时间, y=surv, color="FOXP3 低")) + geom_step(data=subtype3, aes(x=时间, y=surv, color="PTPRC 低")) + scale_color_manual（值= c（“红色”，“蓝色”，“黑色”））+ labs(x="时间（天）", y="生存概率")