hpc 相关问题

高性能计算（HPC）是指使用超级计算机和计算机集群来解决各种计算密集型问题。

如何解释并修复使用 NVIDIA nvc 编译器执行 OpenACC 程序时出现的错误？

我将带有 OpenMP pragma 指令的并行 C 程序翻译为带有 OpenACC pragma 指令的 C 程序，通过删除原始 OpenMP pragma 并添加 OpenACC dire...

parallel-processing openmp nvidia hpc openacc

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HPC（Slurm）上的 NetLogo，无需BehaviorSpace

我想稍微改变一下使用 Slurm 在 HPC 上运行 NetLogo 的工作流程。对于上下文，我并行运行大约 360 个模拟，每个模拟可能需要 5 到 7 天（我知道，效率不高）...

mpi netlogo slurm hpc pynetlogo

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在R中利用多个节点进行并行计算

我可以访问 HPC 系统。假设我有三个可用的节点/系统。各节点详细信息如下： scontrol 显示节点 Arch=x86_64 CoresPerSocket=10 CPUAlloc=20 CPUTot=20 CPULo...

r hpc doparallel

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前缀和并行算法

我正在研究并行求和扫描算法，但我的结果不正确。我正在致力于在 OpenMP 中实现 Hillis Steele Scan。我的函数输出不正确的结果无效

c openmp hpc prefix-sum

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无法将 slurm 节点状态从无效更改为空闲

我正在尝试在使用 Ubunutu 22.04(WSL) 的单个节点上设置 slurm。我按照 https://drtailor.medium.com/how-to-setup-

slurm hpc

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在 HPC 系统上安装 Spack 失败：<unknown file>

我正在按照本教程尝试在运行 CentOS 7 的大型集群上安装 Spack。在引导步骤 spack spec zlib 中出现错误： ==> 错误：：1：[ordereddic...

hpc spack

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Snakemake远程规则重新读取配置文件？

我正在使用snakemake（v7.22.0）在集群上执行多个作业。我有几个不同版本的工作流程，有时会并行执行，其中涉及更改配置文件......

automation cluster-computing snakemake hpc

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Mantevo 的原始 HPCCG 是否执行预处理对称高斯 Seidel 平滑器

Mantevo 的原始 HPCCG 执行预处理对称高斯 Seidel 是否更平滑，因为我似乎在代码库中找不到这一步。它仅在 HPCCG.cpp 中执行共轭梯度

c++ mpi openmp hpc

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Slurm 的后处理队列

我的问题不是直接与 SLURM 相关，而是关于如何围绕它组织工作。我可以将我提交给 SLURM 的工作类型总结为两类：属于流程一部分的工作...

workflow slurm hpc organization

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是否有相当于 docker run 的 enroot ？

我有一个简单的容器，是用 Dockerfile 构建的。我正在 Ubuntu-20.04 上运行 enroot-3.4.1-1 和 Docker 版本 26.0.0。我的 Dockerfile 采用一个简单的可执行文件（从 C 编译）...

docker hpc

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slurm 处理的 bash 脚本中的注释

我在集群上使用 slurm 来运行作业并使用 sbatch 提交如下所示的脚本： #!/usr/bin/env bash #SBATCH -o slurm.sh.out #SBATCH -p defq #SBATCH --邮件类型=全部 #SBATCH——邮件...

bash comments hpc slurm

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zgemv 与 dgemv/sgemv 的算术强度？

sgemv（或dgemv）的算术强度是在这组练习中推导出来的（https://florian.world/wp-content/uploads/FM-High-Performance-Computing-I-Assignment-1.pdf）成为： 0.5 / (1+c)，其中...

math cpu-architecture hpc blas intel-mkl

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Babel 可以与 Matlab 配合使用吗？我该如何操作？

我想知道是否有人设法使用 Babel 将 Matlab 与其他平台集成。注意：我提出了三个与我关心的其他语言类似的不同问题。不...

matlab hpc

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g++ 定时器与 DPC++ Intel 编译器不兼容

我有一个我一直在尝试编译的 HPCCG 文件。我想用 Intel oneAPI 编译器编译它，它成功了，但生成的结果表明计时器实现不......

hpc timing dpc++

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如何在 .out 文件中输出 SBATCH 选项或如何在 bash 中回显注释行

我对使用 SLURM 工作负载管理器进行 HPC 计算相当陌生，因此尚未找到可靠的工作例程。截至目前，我有一个带有一堆 #SBATCH 标志的作业脚本，我修改了这些标志...

bash slurm hpc sbatch

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SLURM 脚本失败，尽管其中的命令有效

我目前正在尝试运行我的第一个 SLURM 脚本，但它在 sbatch 和 srun 中立即失败。我一个接一个地测试了其中的 python 命令，它们都可以独立工作，le...

slurm hpc

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在 3D 模板中交换数组指针不起作用

我有一个在 32x32x32 float32 矩阵上运行的 7 点 3d 模板操作。该矩阵使用运行之间相同的一些值进行初始化，因此不存在随机分量。原来的

c pointers optimization memory hpc

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mpirun 错误：无法访问 PMIx 服务器

当我使用 mpirun 运行 osu_bw 时，出现错误，这是我的日志： $ 哪个 mpirun /数据/软件/安装/oneapi/mpi/最新/bin/mpirun # 我正在使用英特尔 MPI $ mpirun -np 2 ./osu_bw 没有 PMIx 服务器

mpi benchmarking hpc intel-mpi

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Slurm：重命名文件夹中的特定行

我正在尝试使用 for 循环来重复更改文件的行。这是我的代码。 #!/bin/bash # 用于运行多个任务的 SLURM 批处理脚本示例 # SLURM 配置 #SBATCH --节点=1 #SBAT...

unix slurm hpc

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如何在 HPC 中一起运行多个基于 python 的 slurm 作业

我需要提交 100 个 slurm 作业，它们都执行相同的计算，但略有变化（唯一的区别是年份；所有文件都有不同的年份）。有没有办法一起提交

python parallel-processing slurm hpc multiple-processes

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