hpc 相关问题

高性能计算（HPC）是指使用超级计算机和计算机集群来解决各种计算密集型问题。

当我使用 mpirun 运行 osu_bw 时，出现错误，这是我的日志： $ 哪个 mpirun /数据/软件/安装/oneapi/mpi/最新/bin/mpirun # 我正在使用英特尔 MPI $ mpirun -np 2 ./osu_bw 没有 PMIx 服务器

mpi benchmarking hpc intel-mpi

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Slurm：重命名文件夹中的特定行

我正在尝试使用 for 循环来重复更改文件的行。这是我的代码。 #!/bin/bash # 用于运行多个任务的 SLURM 批处理脚本示例 # SLURM 配置 #SBATCH --节点=1 #SBAT...

unix slurm hpc

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如何在 HPC 中一起运行多个基于 python 的 slurm 作业

我需要提交 100 个 slurm 作业，它们都执行相同的计算，但略有变化（唯一的区别是年份；所有文件都有不同的年份）。有没有办法一起提交

python parallel-processing slurm hpc multiple-processes

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用于跟踪 HPC 和本地分析文件的 Git 工作流程？

我是 Git 新手，需要有关管理 HPC 集群和本地计算机上文件版本控制的最佳工作流程的建议。我的例程是在 HPC 上运行脚本 -> 将结果文件带到我的...

r bash git github hpc

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一个节点上运行多个单核

我有一个如下所示的 csh 脚本 foreach n(`seq 1 1000000`) ./myprog${n}.x 结尾我想并行化它并在我的 slurm 集群上运行它，因为程序的每个实例都需要......

multiprocessing slurm hpc csh tcsh

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Slurm 配置问题：运行进程会阻塞整个节点的核心而不是分配的核心

我在分布式计算环境中配置 Slurm 时遇到问题。当我启动一个只应使用 4 个核心的进程时，它最终会阻塞 n 上的所有 128 个可用核心...

parallel-processing slurm hpc sbatch

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为什么 MPI_Bsend() 是一个阻塞函数？

如以下定义所示，MPI_Bsend() 是一个阻塞 MPI 函数。但这违背了我们对“封锁”一词的普遍理解。所以出现了这些问题：形容词是否“阻塞...

mpi blocking nonblocking hpc

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提交一个调用 srun 的 python 脚本来 slurm

我想用slurm提交一个python脚本，通过bash“sbatch myscript.sh”。在我的 script.sh 中，python 被称为“python running.py” 反过来将使用“check_cal...

python slurm hpc

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如何控制使用 scikit-learn 的 joblib 启动的进程数量？

背景当使用 scikit-learn 在大型数据集上执行极其并行的任务时，在高性能计算 (HPC) 环境中的集群上执行此操作会很方便。 Scikit-le...

python scikit-learn hpc joblib

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对于SLURM集群，为什么我们需要为作业指定内存分配？

计算集群不是可以根据需要动态分配内存吗？

hpc

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如何为这个函数编写cuda内核？

我有一个 C 内核，我想将其转换为 cuda 内核。然而，我在为这个函数编写内核时遇到了麻烦，因为它由多个嵌套循环组成。我的方法是

c++ c cuda linear-algebra hpc

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Slurm 错误“分配请求的核心/任务必须以季度增量”

嗨，我正在 PSC 中使用bridges2超级计算机来运行作业，当我尝试使用下面的脚本提交作业时，出现错误 sbatch：错误：分配请求的核心/任务...

mpi slurm hpc sbatch

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使用slurm脚本运行其他snakemake slurm作业

我有一个功能性的snakemake配置文件，用于使用SLURM在HPC上运行作业。如果我在本地运行此脚本，作业将并行提交，并且一切都会按预期进行。然而，这个管道...

python slurm snakemake hpc

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如何找到 hpcviewer 以便可视化 hpcrun 生成的跟踪数据？

我的问题是关于 hpcviewer，它是一个可视化生成的跟踪数据的工具由 hpcrun 提供。我成功安装了 hpctoolkit，但查找 hpcviewer 时遇到问题。为了测试该工具包，我创建了一个

hpc

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Seurat FindClusters() 似乎在一次迭代后冻结了

我尝试在 RedHat Linux HPC 上使用以下命令在大约 20G、300K 单元的数据集上运行 FindClusters()： df <- FindClusters(df, resolution=seq(0.01,1,by=0.1), verbose = TRUE,

r multiprocessing hpc seurat

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在虚拟环境中通过 SSH HPC clutser 安装 pip 包时出现 TLS/SSL 认证错误

我正在尝试在 HPC 集群上的虚拟 venv 中安装 python 包。 (metaTS_venv) [xxxuser@hpc metaTS]$ pip3 安装 pandas 我收到下面的 TLS/SSL 错误。如果我安装在我的电脑上，它就可以正常工作...

python ssh pip cluster-computing hpc

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SLURM 报告内存消耗

我试图了解一个简单的作业消耗多少内存（基于这个python脚本）。我在分配了不同数量的核心的单个工作线程上运行相同的脚本。结果

linux resources slurm hpc

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为工作站和 HPC 设置令人尴尬的并行代码的最佳方法

我正在寻找最通用/最简单的方法来运行具有变化的输入的令人尴尬的并行代码。我希望最终的解决方案能够在工作站上运行（没有可用的 PBS），但是...

mpi hpc xargs gnu-parallel

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可以在服务器中从anaconda创建conda环境吗？

我正在尝试将特定的软件安装到我的大学 HPC3 服务器上。安装教程上说需要安装 conda 环境。然而我被拒绝了

anaconda conda virtualenv hpc

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在并行处理中更改$TMPDIR

我在高性能计算系统上运行批处理作业来对对齐的读取进行排序，并使用 GNU 并行来加速我的工作，但我的工作失败了，原因如下：并行：错误：输出为

hpc gnu-parallel slurm

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