hpc 相关问题

高性能计算(HPC)是指使用超级计算机和计算机集群来解决各种计算密集型问题。

高性能计算和线程标识符的保存

我编写了网格步幅循环以具有高性能计算,其中大N,例如长长N 1 << 36,甚至更大。从总网格中,我只需要一些索引,这些索引必须满足...

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暂存空间与主节点磁盘空间中的普通磁盘空间有何不同?

我是HPC的新手,我正在努力设置暂存空间。在正在使用的集群中,我需要使用SLURM工作负载管理器设置Scratch空间。我在与...

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要读写的持久性内存缓存策略

是否有人知道尝试在App Direct模式下使用Intel Optane DC内存(DCPMM)(作为非易失性内存)使用直写式(WT)或Un-对其进行读写操作的任何缺点, ...

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snakemake群集脚本ImportError snakemake.utils

我有一个随机出现的奇怪问题,我真的不知道何时何地。我正在像这样运行snakemake管道:conda activate $ myEnv snakemake -s $ snakefile --...

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[h5py OS,由于文件关闭不正确而导致的错误

我有一些代码可以在一定数量的时间点上运行模拟,并重复该过程一定次数。为了保存数据,我使用在第10-11行中创建的h5py数据集。 ...

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Snakemake在群集上运行远程文件下载

我正在尝试从一些公共S3存储桶中下载数十个大文件(每个文件10-25 GB)。我是在HPC群集的用户存储配额有限的情况下执行此操作的。通常,我有...

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我如何从RStudio终端SSH登录

我想从RStudio的终端通过SSH登录到高性能计算机,因此我可以通过在RStudio脚本中突出显示该代码并直接按Alt + Ctrl + Enter来执行代码。但是,...

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解释此排序算法如何工作?

有人可以解释这种排序算法如何工作吗?它被称为“ sequential_sort”。void sequence_sort(std :: vector &X){ ...

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并行二进制搜索的性能比串行版本差

我编写了以下代码,该代码在数组中执行一定数量的二进制搜索。我将其与OpenMP并行化,似乎我添加线程的次数越多,完成时间就越多。 ...

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查找Azure VM的Infiniband IP地址

这类似于是否有任何Python API可以获取Azure中虚拟机的IP地址(内部或外部),但我想获取一个Azure VM的无限带宽IP地址。所以...

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在计算群集上运行许多sbatch .sh文件

我有很多包含.sh文件的文件夹(如下所示)。我需要在集群上运行它们中的每一个。我需要有关如何将以下sbatch命令放入循环的帮助。 cd file1 sbatch run_min ....

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任务组无法创建客户端调度程序和工作程序

我使用dask jobqueue以以下格式创建了作业脚本:从dask.dask.distributed import导入dask_dask_jobqueue客户端import PBSCluster群集= PBSCluster(queue ='research',...

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在arm mali midgard gpus上的零复制缓冲区分配?

我希望对arm mali midgard gpus和arm cpus上的opencl缓冲区具有零复制行为,以便向量的数据指针和clBuffer在其生命周期内指向相同的位置。某些...

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[OpenCL 1.2中使用cl_arm_import_memory扩展的零复制缓冲区-arm mali midgard GPU

我希望分配一个向量,并使用它的数据指针在GPU上分配一个零拷贝缓冲区。有此cl_arm_import_memory扩展名可用于执行此操作。但是我不确定它是否......>

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在超级计算机上发出并行运行的模型-do.call无法在parLapply / clusterApply中识别我的模型列表

我正在尝试通过使用并行包的parLapply远程连接到超级计算机以利用许多内核(通过computeCanada)来并行运行模型列表。当我运行该行时:...

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Snakemake:将多个作业聚在一起

我有一个非常简单的snakemake管道,该管道接受一个输入文件,执行三个后续步骤来产生一个输出。每个单独的工作都非常快。现在我想将此管道应用于> 10k个文件...

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如何在高性能计算中安装H2O无人驾驶AI?

是否有关于如何在高性能计算(HPC)环境上安装/设置无人驾驶AI的文档,所以我可以请求几个节点(每个GPU都需要一个节点,并让DAI充分利用它?

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如何使用Slurm(并行)在多个节点上运行多个任务?

我想用不同的参数运行文件两次,每个任务在一个节点上,例如节点1上的任务1和节点2上的任务2,用我的代码仅执行第一个任务。我不知道是什么...

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