bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

我正在使用 Bash（对我来说非常陌生）。我有2个源文件。其中之一（名称：clusters.txt）如下所示：集群 10：WP_1.2 WP_1.1 WP_1.4 ...... 集群 15：WP_2.1 WP_1.4 WP_1.3 ...... 在sh...

r bash bioinformatics fasta

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结果并没有给我正确的答案

所以我给我的班级布置了这个作业，它是这样的：创建一个能够读取 FASTQ 格式文件的程序。存储每个读数的碱基和各自的质量值（如......

python bioinformatics

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将 Fastq 文件直接读取到 Pandas Dataframe 中

我正在尝试将 Fastq 文件直接读入 pandas 数据帧，类似于下面的链接：将 FASTQ 文件读入 Spark 数据帧我到处搜索，但找不到可行的选择。电流...

python pandas bash bioinformatics fastq

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在 C# 中获取肽的所有 DNA 编码

我想获得肽的所有DNA编码：肽是氨基酸序列，即氨基酸M和氨基酸Q可以形成肽MQ或QM。 DNA编码意味着有一个DNA代码（称为...

c# bioinformatics

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Nextflow 管道中的文件路径管理

我有一个 .config 文件，其中包含各种工具的目录路径。我想隔离单个文件路径，例如：/mount1/nextflow_dir/，对于其他工具，我想添加一些内容

bioinformatics nextflow cromwell

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无法在新的 Ubuntu 设备上安装 R 软件包

我是一名医生（所以根本没有计算机科学背景），开始涉足大数据集的生物信息学分析，并且过去在我的私人 Windows 笔记本电脑上使用过 R，而没有...

r ubuntu directory bioinformatics devtools

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awk 未找到索引的所有匹配项

我有两个文件，使用管道作为分隔符，在每个文件中生成两列。每次

bash awk bioinformatics

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如何使用 bash 替换多行 FASTA 文件中的特定字符串模式？

我有一个大型多行 FASTA 文件，如下所示： >NWQ47741.1 CLTR1 蛋白，部分 [Melospiza_melodia] 脊椎动物 CLSQGTMTALSPNLSCHNPSIDDFRNSVYSTLYSMISIMGFVGNGVVLYVLIRTYRQKTA

bash awk sed bioinformatics fasta

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通过对列进行分组将数据帧拆分为多个数据帧

我有一个表达数据的数据框，其中基因是行，列是样本。我还有一个数据框，其中包含表达式数据框中每个样本的元数据。实际上我的 expr 数据...

r dplyr bioinformatics rna-seq

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通过对 R 中的列进行分组将数据帧拆分为多个数据帧

我有一个表达数据的数据框，其中基因是行，列是样本。我还有一个数据框，其中包含表达式数据框中每个样本的元数据。表达式 <- data.frame(sam...

r dplyr bioinformatics rna-seq

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什么版本的 pip 和 python 适合 nsdpy？

我目前正在尝试按照此工作流程下载制作 COInr 数据库的所有要求； https://mkcoinr.readthedocs.io/en/latest/content/overview.html。它需要一些不同的...

python pip bioinformatics

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将子串按给定比例与fasta格式的序列交换

我有两个非交错 fasta 格式的序列： >序列1 啊啊啊啊啊 >序列2 TTTTTTTTTT 我想按一定比例交换两个序列的部分。比例为0.5（...

bash awk bioinformatics fasta

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Pandas groupby：使用其他列中的数据来创建组（基因组区间）

作为更大数据集的一部分，我有一个组织如下的 DataFrame：染色体臂起始结束比_中位数 5 5.5 96100001 96150000 -0.582 5 5.5 96150001 96200000 ...

python pandas bioinformatics pyranges

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如何创建氨基酸注意力分数的热图可视化，每行显示 30 个氨基酸和注意力分数？

我想可视化我的模型对氨基酸序列的注意力得分。像这个将 numpy 导入为 np 将 matplotlib.pyplot 导入为 plt 氨基酸 = ['M', 'L', 'I', 'V', 'N', 'Y', 'L', 'G',...

python matplotlib seaborn bioinformatics

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带有 .pdb 文件的 Python

我正在从事生物项目。我有 .pdb（蛋白质数据库）文件，其中包含有关分子的信息。我想找出 .pdb 文件中分子的以下内容：分子质量。哈...

python bioinformatics biopython chemistry

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如何在awk中访问字典中一个键的多个值？

所以我在 awk/bash 中编写代码。我有两个文件，第一个文件的格式如下： chr1_2376428_A_T chr1_5465765_T_A chr1_8958392_C_G .... chrM_237426_C_G 该文件涵盖所有铬...

dictionary unix awk bioinformatics bed

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用 Biopython 替换 PDB 原子名称

我有一个包含蛋白质和一个配体的pdb。我不喜欢配体的氢的命名方式（1H2，2H2，1H3，2H3，...），我想要类似 H1，H2，H3，H4，... 我写了

bioinformatics biopython

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使用 GSEAPY 进行富集分析

我正在尝试使用 gseapy richr 对如下所示的基因名称列表运行富集分析： 0 RAB4B 1 虎 2 RNF44 3 DNAH3 4 RPL23A 5 ARL8B 6 卡路里...

python pandas bioinformatics

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在Rstudio中使用ape包的ace函数时出错：object "phy" is not of class "phylo"

我正在尝试运行 ASR 分析，并尝试将二进制数据组合到先前生成的树的叶子中。从 ape 包运行 ace 函数时，我不断收到相同的错误：

r bioinformatics

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有没有办法调用之前与trim函数一起使用的函数来做出条件？

我正在将 DNA 翻译为蛋白质，或者基本上，引用列表中的值表，然后在满足某些条件时调用该列表中的值。不过我现在预计会使用...

python loops bioinformatics

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