带有 .pdb 文件的 Python

Question

我正在从事生物项目。我有

.pdb

（蛋白质数据库）文件，其中包含有关分子的信息。

我想找出

.pdb

文件中的分子的以下内容：

1. 分子质量。
2. H 键供体。
3. H键受体。
4. 记录P。
5. 折射率。

Python 中是否有任何模块可以处理

.pdb

文件来查找此文件？如果没有，那么有人可以告诉我我该怎么做吗？

我发现了一些模块，例如

sequtils

和

protienparam

，但它们不做这样的事情。

Answer 1

我不知道它是否符合您的需求，但Biopython看起来可能有帮助。

Answer 2

PDB

文件还输出一个

XML

文件

PDBML

，可以使用

xml

解析库轻松解析该文件

http://pdbml.pdb.org/

Answer 3

pdb 文件几乎可以包含任何内容。 许多项目允许您解析它们。有些特定于生物学和 pdb 文件，有些不太特定，但可以让您做更多事情（设置计算、测量距离、角度等）。

我认为你被否决是因为这些项目很多：你不是唯一一个想要这样做的人，所以存在完全符合你需求的东西的可能性非常高。

也就是说，如果您只想解析 pdb 文件以满足此特定需求，只需自己完成即可：

• 使用文本编辑器打开文件。
• 确定相关数据在哪里（关键词等）。
• 创建一个打开文件并查找关键字的 Python 函数。
• 从文件中提取数字。
• 完成。

这可以通过在 10 分钟内编写的简短脚本来完成（否决的其他原因）。