从包含计数的数据创建热图

Question

我有一个看起来像这样的数据框（如下图所示），本质上我想要一个显示 REF -> ALT 计数的热图。热图应将 x 轴作为 REF，y 轴作为 ALT，颜色越深 - 计数越高。

    REF ALT COUNT
0   A   C   3328
1   A   G   11321
2   A   T   3477
3   C   A   3920
4   C   G   3367
5   C   T   11778
6   G   A   11612
7   G   C   3199
8   G   T   3772
9   T   A   3463
10  T   C   11288
11  T   G   3420

Answer 1

数据框正确调整形状后，您可以使用

heatmap

中的

seaborn

函数来可视化数据。

试试这个：

import pandas as pd
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

# Sample data
data = {
    'REF': ['A', 'A', 'A', 'C', 'C', 'C', 'G', 'G', 'G', 'T', 'T', 'T'],
    'ALT': ['C', 'G', 'T', 'A', 'G', 'T', 'A', 'C', 'T', 'A', 'C', 'G'],
    'COUNT': [3328, 11321, 3477, 3920, 3367, 11778, 11612, 3199, 3772, 3463, 11288, 3420]
}

df = pd.DataFrame(data)

# Reshape the dataframe to a matrix format
pivot_df = df.pivot(index='REF', columns='ALT', values='COUNT')

# Plot the heatmap
plt.figure(figsize=(10, 8))
sns.heatmap(pivot_df, annot=True, cmap='YlGnBu', fmt='g', linewidths=.5)
plt.title('REF -> ALT Counts Heatmap')
plt.show()

此代码将生成一个热图，其中 x 轴代表

REF

，y 轴代表

ALT

，颜色强度基于

COUNT

值。颜色越深，计数越高。