HPC 中的 Conda 环境创建

Question

我刚刚获得了 HPC 用户并想要创建我的环境。但是，当我尝试创建它们时，我收到以下消息：

(base) [xxxxx@front ~]$ conda create -n rnaseq -c bioconda -f rnaseq.yml
Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

UnavailableInvalidChannel: HTTP 404 NOT FOUND for channel admin <https://conda.anaconda.org/admin>

The channel is not accessible or is invalid.

You will need to adjust your conda configuration to proceed.
Use `conda config --show channels` to view your configuration's current state,
and use `conda config --show-sources` to view config file locations.

使用

conda config --show-sources

给出以下内容：

(base) [xxxxx@front ~]$ conda config --show-sources
==> /opt/conda/.condarc <==
channel_alias: https://conda.anaconda.org/
channels:
  - admin

==> /xxxxx/.condarc <==
channel_alias: https://conda.anaconda.org/
channels:
  - admin

当我检查 conda 信息时，我发现没有安装 conda-build，这可能与问题有关吗？还是管理员不允许我创建环境？

康达信息：

     active environment : base
    active env location : /opt/conda
            shell level : 1
       user config file : /xxxxx/.condarc
 populated config files : /opt/conda/.condarc
                          /xxxxx/.condarc
          conda version : 23.1.0
    conda-build version : not installed
         python version : 3.10.4.final.0
       virtual packages : __archspec=1=x86_64
                          __glibc=2.34=0
                          __linux=5.15.0=0
                          __unix=0=0
       base environment : /opt/conda  (writable)
      conda av data dir : /opt/conda/etc/conda
  conda av metadata url : None
           channel URLs : https://conda.anaconda.org/admin/linux-64
                          https://conda.anaconda.org/admin/noarch
          package cache : /opt/conda/pkgs
                          /xxxxx/.conda/pkgs
       envs directories : /opt/conda/envs
                          /xxxxx/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/23.1.0 requests/2.28.1 CPython/3.10.4 Linux/5.15.0-102.110.5.1.el9uek.x86_64 ol/9.2 glibc/2.34
                UID:GID : 10063:100000
             netrc file : None
           offline mode : False

我尝试在 HPC 中创建 conda 环境，预计会创建该环境，但 conda 显示管理通道不可访问。

Conda - 版本 23.1.0 操作系统 - Oracle Linux

Answer 1

联系系统管理员。那个

admin

看起来是故意的，所以他们应该能够给出解释。例如，他们可能试图提供一个精心策划的本地频道，但可能有些东西配置错误。

conda-build

不是问题。

作为一种解决方法，可以使用

.condarc

标志忽略

--override-channels

文件中的通道。或者，在 YAML 中，您可以添加

nodefaults

“通道”来忽略配置中找到的通道。

另外，请注意

-c bioconda

无效 - 它必须始终为

-c conda-forge -c bioconda

。