为idat 文件创建示例表(.csv)

Question

我正在尝试基于 GEO 数据 (GSE166427) 上的 ChAMP 包来分析差异甲基化基因。虽然，我想知道应该如何生成“Sample Sheet.csv”文件来进行分析，因为下载的文件之间没有示例表文件，并且文件名如下：

[1] "GSM3759532_CLX_Methylation_A2004_N"   "GSM3759533_CLX_Methylation_A2004_T"  
[3] "GSM3759534_CLX_Methylation_A2027_N"   "GSM3759535_CLX_Methylation_A2027_T"  
[5] "GSM3759536_CLX_Methylation_A2050_N"   "GSM3759537_CLX_Methylation_A2050_T"  

所以，我无法处理所需的列，Sentrix_ID，Sentrix_Position等

是否有任何函数或包可以自动准备samplesheet.csv文件？

Answer 1

我不知道它是否相关，但我使用的是我的好朋友 thomas 编写的库，它实现了冠军管道标准化的所有必要内容。

包含样本表部分。 这是库https://github.com/V1CEE/PyNCBI_modified/tree/main/PyNCBI

它分叉了，因为我需要修复一些致命的编译错误才能使其工作。 您可以查看实现内部并单独使用示例表生成的部分，它位于 FileUtilities.py 文件下。

享受！