通过WSL在Windows中安装bowtie2等生物信息学软件包

Question

我正在尝试用 python 开发一个 GUI 来分析 tRNA-Seq 数据，该数据可以在 Linux 和 Windows 中运行。为此，需要运行一些程序，例如：bowtie2、samtools 或 bedtools，这些程序可以在 Linux 上通过 anaconda 轻松下载，但在 Windows 上却令人头疼。该程序无法在 Windows 上下载，因此我必须安装 Windows Subsystem for Linux (WSL) 并尝试通过这种方式下载。

我开发了以下 python 脚本（anaconda_setup.py）来执行此操作：

import os

#Download the file for Linux, altough this script will run only on Windows Subsystem for Linux
os.system('curl -O https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Checking the integrity of the file
os.system('sha256sum Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Running the .sh script
os.system('bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Compiling from source
os.system('source ~/.bashrc')
os.system('Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Using conda to install bowtie2, samtools and bedtools
os.system('conda install -c bioconda bowtie2')
os.system('conda install -c bioconda samtools')
os.system('conda install -c bioconda bedtools')

然后我在主脚本中使用以下代码来调用其他脚本：

import os
...
os.system("wsl python3 anaconda_setup.py")

有了这个 anaconda 就安装正确了，但我不确定它是安装在 Windows 上还是 WSL 中。但我得到了下一个错误：

sh：1：来源：未找到 sh：1：conda：未找到 sh：1：conda：未找到 sh：1：conda：未找到

另一方面，我已从 CMD 进入 WSL，我可以手动运行 conda.exe 和 conda，但无法自动运行。此外，从 CMD 我无法运行：“wsl conda”（错误：/bin/bash：conda：找不到命令），但我可以毫无问题地运行 wsl conda.exe。

知道我做错了什么或者如何解决这个问题吗？

非常感谢。

Answer 1

使用 anaconda 的 Linux 安装程序来安装 anaconda for wsl2

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

检查

conda

命令是否运行，如果没有运行，路径必须导出到

.bashrc

文件中

export PATH=/home/user/anaconda3/bin:$PATH

再次

运行

conda

，现在就可以工作了。您可以在 wsl2 中使用 conda 安装所需的软件。

希望这对您有帮助。欲了解更多信息，请访问此 帖子

Answer 2

以下是您可以遵循的步骤。

1. 你必须安装 Ubuntu 终端。如果没有从 Microsoft Store 下载。
2. 安装 Ubuntu 后使用命令安装 wget

   sudo apt install wget

3. 安装miniconda，因为miniconda是anaconda的轻量版本，会节省大量空间。
4. 下载 miniconda 安装程序。

   wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

5. 安装 miniconda

   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

6. 导出路径

   export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH

7. 使用bioconda通道安装bowtie2

   conda install -c bioconda bowtie2

Answer 3

仅供参考：它在 debian/ubuntu 上：

sudo apt update
sudo apt install bowtie2

（也在酿造中）。