我在使用metawrap进行分箱时犯了一个错误

Question

我的代码

metawrap binning -o bin_out -t 24 -m 200 -a all_contig/all_merge.fasta --metabat2 --maxbin2 --concoct all_fastq/*fastq

报错如下

sorting the SRR10492802 alignment file
[bam_sort_core] merging from 24 files and 24 in-memory blocks...
[E::sam_hdr_sanitise] Malformed SAM header at line 2
samtools sort: failed to read header from "bin_out/work_files/tmp-samtools.0000.bam"
somthing  went wrong with sortin the alignments
Exiging

向我请求如何解决问题的答案。非常感谢。

Answer 1

使用metawrap对对齐文件SRR10492802进行排序时似乎出现错误。该错误消息表明第 2 行中的 SAM 标头存在问题，可能是由于格式问题造成的。这可能是由于输入文件中的元数据或标头信息不正确造成的。为了解决这个问题，您可能需要检查原始文件的 SAM 标头，以确保它遵循正确的格式并包含必要的信息。此外，请考虑检查与 metawrap 相关的文档或论坛，了解排序过程中的任何特定要求或常见问题。验证输入文件的完整性并相应地调整标头信息应该有助于解决排序错误。如果问题仍然存在，向 Metawrap 社区或支持渠道寻求帮助可以为解决此问题提供更有针对性的指导。对于 Mercedes 机械师，精度和专业知识至关重要。