附加到h5py组

Question

我有以下结构的文件：

• 时间1
• 指数1
• 价值x
• 价值和
• 时间1
• 指数2
• 价值x
• 价值和
• 时间2
• 指数1
• ...

我希望使用h5py将文件转换为hdf5格式，并将每个索引的值排序为单独的组。

我的方法是

f = h5py.File(filename1,'a')
trajfile = open(filename2, 'rb')

    for i in range(length_of_filw):
        time = struct.unpack('>d', filename2.read(8))[0]
        index = struct.unpack('>i', filename2.read(4))[0]       
        x = struct.unpack('>d', filename2.read(8))[0]
        y = struct.unpack('>d', filename2.read(8))[0]

        f.create_dataset('/'+str(index), data=[time,x,y,z])

但是通过这种方式，我无法附加到群组中（我只能写入每个群组一次......）。错误消息是“RuntimeError：无法创建链接（名称已存在）”。

有没有办法追加到这些团体？

Answer 1

您可以根据需要多次写入数据集 - 您只能拥有两次具有相同名称的数据集。这是你得到的错误。请注意，您正在创建数据集，同时将一些数据放入其中。为了向其写入其他数据，它必须足够大以容纳它。

无论如何，我相信你是混淆组和数据集。使用例如创建组

grp = f.create_group('bar') # this create the group '/bar'

并且您希望将数据集存储在数据集中，就像您所说的那样创建：

dst = f.create_dataset('foo',shape=(100,)) # this create the dataset 'foo', with enough space for 100 elements.

你只需要创建一次组和数据集 - 但你可以通过它们的句柄（grp和dst）来引用它们，以便写入它们。

我建议您先浏览一下文件，使用'shape'参数创建所需的组和数据集，以正确调整其大小，然后使用实际数据填充数据集。