默认情况下如何将蛇形蛇编入--use-conda？

Question

我的Snakefiles包含“ conda”指令，并且我总是使用--use-conda标志调用snakemake。

默认情况下是否有办法启用此标志？就是说，我可以在没有显式添加--use-conda到每个调用的情况下让蛇默认使用conda吗？

Answer 1

您可以将蛇形的别名定义为

alias snakemake='snakemake --use-conda'

但是如果您不想设置--use-conda，则必须删除别名（unalias snakemake）或为别名使用其他名称（例如alias mysnakemake='snakemake --use-conda'）。

但是，实际上，我只写--use-conda以避免混淆。

UPDATE

@ OronNavon评论后，也许可以这样做。在您的Snakefile上添加：

if 'use_conda' in config:
    workflow.use_conda = True

其中use_conda是您从配置文件中读取的布尔变量。它应该可以工作，但是我认为这又使事情变得令人困惑...