生命线参考小组| Python 生存分析

Question

有没有办法计算Python的Lifeline包中相对于指定组的危险比？ 我现在拥有的是：

from lifelines import CoxPHFitter

data=KM_DF[["Survival_Time","Event","30_40","40_50","50_60","60_70","70_80","Male"]]

cph=CoxPHFitter()
cph.fit(data,"Survival_Time",event_col="Event",show_progress=True)
cph.print_summary()

我想知道 40_50、50_60、60_70 和 70_80 组相对于 30_40 组的 HR，同时还根据性别进行调整。但目前，我得到了我想要作为参考的小组的 HR（“30-40”）为 3.02。

有没有办法用生命线做到这一点？

为了获得更大的背景/动机，在 R 的 Cox 比例危险比计算工作流程中，可以设置变量“级别”，后续的危险比是相对于第一级的。然而，我一直无法弄清楚这在流行的“Lifelines”Python 包中是否可行。

Answer 1

from lifelines import CoxPHFitter

data = KM_DF[["Survival_Time", "Event", "30_40", "40_50", "50_60", "60_70", "70_80", "Male"]]

cph = CoxPHFitter()
# Set "30_40" as the reference level for the "40_50", "50_60", "60_70", and "70_80" groups
cph.fit(data, "Survival_Time", event_col="Event", show_progress=True, reference_level="30_40")

cph.print_summary()

通过设置reference_level =“30_40”，您指定您希望“40_50”、“50_60”、“60_70”和“70_80”组的风险比在调整性别时相对于“30_40”组.

通过此设置，输出将显示指定组相对于“30_40”组的危险比，“30_40”组将作为比较的参考水平。

此方法应该在 Lifelines 中实现所需的结果，类似于在 R 中为 Cox 比例风险比计算设置参考水平的方式。